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缝合和对齐一系列网格图像教程

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简介

本描述教程“如何使用 stitchingregistration 的斐济插件从输入的图块序列生成图像堆栈(或 3D 图像)”。

考虑到本教程中使用图像的来源,图块之间的转换可以建模为纯平移以生成(切片的)马赛克。切片之间的转换也可以建模为纯平移。

在初始设置中我们需要确保:

-图像所有的存储都在同一个文件夹中,并具有查看的排序名称(例如Tile_X(xxx)_Y{yyy}_Z{zzz}.png),更多信息如下。

  • 堆叠的所有切片均由大小相同的图块形成网格(NxM图块)。

在我们的测试示例中,我们有 19,600 张图片,即 140 个 10x14 块的部分: Screenshot file browser sequence

拼接

第一步,我们从斐济开始并转到PluginsRegistration

Stitching menu grid sequence

然后,弹出下一个对话框,选择拼接参数:

Screenshot stitch image grid sequence

这里我们要设置一些重要的参数(没有提到的可以保留默认值):

  • X、Y 和 Z 网格大小:每列、行和部分的图块数量。在我们的例子中:10、14 和 140。
  • 输入目录:包含图像序列的文件夹。请注意,您可以将文件夹拖放到文本框中,路径将被复制。
  • 文件名:文件名的模板。 拼接插件接受两种类型的模板,每个模板的 x、y 或 z 位置都有特定的编号,另一种模板带有绝对编号 (i)。在这种情况下,我们的文件将带有模板 Tile_Z{zzz}_Y{yyy}_X{xxx}.png。这意味着对应于第一部分、第一列、第一行的文件将被称为平铺_Z{001}_Y{001}_X{001}.png
  • 输出目录:生成存储的拼接的图像文件夹。
  • 融合方法:插件处理重叠区域的方式。在我们的测试用例中,我们不会融合图像,因此我们选择
  • 恢复阈值:带有插件的以下数字不会接受有效的相关值。默认值 (0.3) 相当低,但在我们的测试示例中效果很好。

然后我们点击确定,即将发生。该插件将显示所有中间结果,直到整个序列被修复。

处理完成最后一个网格/部分后,插件将出现以下消息:

Screenshot message sequence stitching

结果,将存储图像粘贴到输出文件夹中: Screenshot file browser stitched sequence 性能:在运行 Linux 64 位的 Intel Core Duo、3GHz、4GB RAM 中,拼接 19,600 张图像(每张图像 732x732 像素)大约需要 117 分钟。

对齐

为了初始化切片,我们将使用插件注册虚拟堆栈切片,位于PluginsStitchingStitch Sequence of Grids of Images下:

Screenshot rvss menu

和以前一样,会弹出选择一个对话框,我们必须在其中注册参数:

Screenshot register virtual stack

相关参数为:

  • 来源目录:我们将其设置为格式化输出文件夹,以便插件将格式化图像。
  • 输出目录:我们将其设置为要存储最终切片的文件夹。
  • 提取和注册模型:在这种情况下,如前所述,我们只需要翻译来对转换进行建模。

我们单击前两个布局:

  • 高级设置,指定特征参数提取。
  • 收缩约束,在其他配准模型中,这保证了不收缩配准。由于我们选择了翻译,所以我们没有这个问题,但我们还是检查了这个选项以保证完整的多线程注册。

当我们单击“确定”时,会弹出另一个对话框以选择特征提取参数:

Screenshot feature extraction

,我们只需将每倍频程的步数增加到5,以在这里找到更多的对应点候选点,并将最大图像大小增加到1400个像素,以使用更多的图像信息。

注意:这些值通常是一个不错的选择,但在处理其他类型的图像时可以调整它们。有关参数的更多详细信息,请访问registration plugin page

然后单击“确定”,扫描开始。

数十后(取决于计算机和CPU数量),扫描完成后,扫描的图像将保存到指定的输出文件夹中,结果将显示为虚拟堆栈。

Screenshot aligned stack v

性能:在3.4GHz的8个CPU Intel Core Duo、32GB RAM、在Linux 64位上运行的8个CPU Intel Core Duo中,140个切片的横向(及其大小调整)大约需要20分钟。