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该插件包含一个接口，用于从静态标记中绘图和电位重建细胞谱系。它允许：
- 合并图像上的两个姐妹细胞
- 在界面上构建一个显示谱系树
- 构建树的注释
- 提取一些与TreeJ函数相关的图像集
- 保存为与其他树查看器和/或TreeJ兼容的树文件
安装
- 下载.jar将其放置在ImageJ/Fiji目录的Plugins目录中 或
- 在斐济， add将TreeJ站点添加到您的更新站点列表中：
- Select Plugins › TreeJ from the menu to start the updater.
- Click on Manage update sites.
- Activate the TreeJ update site and close the dialog.
- Click Apply changes and restart ImageJ.
TreeJ 现在可以在 Help › Update… 中访问。
满足
输入
TreeJ 应在 2D 或 3D 标记图像（8 位、16 位或 32 位）上启动。标签可以是不连续的，并且分水岭线（如果）存在也不是问题。带有零的区域标签被视为背景。 当TreeJ更改图像中的标签时，输入图像受到保护，但输出图像可能具有不同的深度。
树的构建
连接系列细胞（在阵列细胞两个面板中）：
- 点击图像上的它们，就会实现相应的字段（Label1和Label2）
- 或在字段 Label1 和 Label2 中写入标签编号
应用以验证设备
***重置将现场置于初始状态。
要进行修改（在取消安装或标记面板中）：
- 使用单击 + Ctrl（或在 MACOS 上单击 + pom）选择错误的母单元，然后
- 或在标签字段中读取标签编号
使用取消界面按钮进行验证。
树注释
- 如果在链接操作期间填充了标签字段，则创建带有标签的母单元
- 选择单元格 (⌃ Ctrl +
Left Click) 或在取消配对和标记面板的标签字段中输入其标签编号，然后在“标记”字段中输入标记
应用来验证标记。
输出图像
- TreeJ 不会修改输入图像。要提取修改后的图像显示：使用当前视图
- 子树中的细胞图像
- 来自母亲的所有细胞图像，并标有想要的标签
树
要保存树信息，有两种可能的格式：
- .treeV 自制格式，兼容TreeJ的输入。包含树和标签信息
- .tree http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newicktree.html newick tree，兼容TreeJ的输入，但仅包含树信息
可以使用 导出为 PDF 按钮将绘图树导出为 PDF 文件（以输入图像名称命名）。
示例
从122个细胞的拟南芥独立的分割图（图A）中，可以回溯细胞谱系溶液16个细胞层级配置。
- 当前视图 得到了 FigB，因为 TreeJ 合并了商品单元。看到我们八个外部域，还有八个内部域，如图 D 所示（通过去除外层和悬臂获得）。
- 对于每个域，我们可以重建谱系并使用 TreeJ 获得一棵树（参见右图：外部下方域的树）。
- 我们标记了内部的内部域，并使用 From Tag 提取了相应的图像（图 C）。
其他链接
请访问Github，了解有关 TreeJ 开发的信息。
请参阅相关论文。
