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| 软件 | tapas |
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TAPAS：批处理集成工具
更新内容将在 Framagit 中提供。
TAPAS（自动化处理和分析系统）是一个用于多维图像处理和分析工作流程的框架。工作流程是一系列链接起来处理图像模块，每个模块应该执行一个简单的任务。
第一个想法是设计一个框架，其中用户可以将管道作为简单的文本文件共享。第二个想法是创建一个简单的编程模板，以便开发人员创建可以自己的模块。
最后，管道应该与要处理的图像集分开，因此相同的管道可以用于不同的图像。处理和分析的结果应与处理后的图像一起存储。
在这里，我们提出了在 OMERO 数据库中的图像的模块的处理和分析存储，但系统应该可以很好地处理本地或服务器上存储的文件。
作者
托马斯·布迪埃
##特点
基本上，我们将提出来自 3D_ImageJ_Suite、ImageJ/Fiji 的模块以及其他模块。
有关稳定版本0.5，可以使用以下模块：
- 文件的输入/输出（使用BioFormats）
- OMERO 输入/输出
- 2D/3D过滤
- 自动阈值、迟缓和迭代阈值
- 2D/3D标签
- 物体测量、信号测量和编号
- 共定位和距离
- 调用ImageJ宏和执行文件
安装
- 安装ImageJ或Fiji。
- 安装3D_ImageJ_Suite。它还可以作为斐济的更新站点提供。 ImageScience 也应该安装，可以从 here 或通过斐济的更新站点进行安装。
- 通过下载 bioformats_package.jar 或启用斐济的更新站点来安装 Bioformats。
- 如果您有OMERO服务器，请下载OMERO-insight，将OMERO.insight-ij-xxx.zip解压到ImageJ或Fiji的插件目录中。版本号应与您的服务器的版本号匹配。请不要从 Fiji 更新站点安装 OMERO-insight。
- 下载
并将其解压缩到 ImageJ 或 Fiji 目录中。 TAPAS 已成功通过 OMERO.insight 5.5.5 和 Bioformats 6.0.1 进行测试。
使用/教程
- 如果您想在 Omero 服务器上处理存储的数据，请首先使用 TAPAS 菜单中的 TAPAS Connect 连接到您的服务器。
- 在文本编辑器中创建管道，检查可用的 Tapas 模块以及如何在提供的文档中使用它。
-
如果您想处理来自 Omero 的数据，请运行 TAPAS OMERO 或运行 TAPAS FILES 以获取文件数据。 教程列表：
- 基本输入/输出功能here。
- 您创建第一个处理管道 here。
- 解读模块here。
- 测量模块here。
- 信号计算和编号模块here。
- 共本地化 here。
- 如何使用analyzeParticles模块进行分割和测量here。
- 如何计算层分配 here。
可用模块列表在Tapas description0.6.3.pdf中描述。
引文
2018 Whitehead, L.、Wimmer, V.、Lafouresse, F.、Ratnayake, D.、Currie, P.、Groom, J.、Rogers, K. 和 Boudier, T. 使用 ImageJ 和 OMERO 实现多维光片细胞大数据的自动化处理和分析系统。国际细胞大会 IMC 19。(Abstract 1848 thomasboudier.pdf)
Gilles JF 和 Boudier T. TAPAS：走向多维生物图像数据的自动化处理和分析。 F1000 Research 2020，9：1278 doi
许可证
版本 0.5 及更高版本采用 GPL 分发（请参阅license）。
来源代码可在 github 上获取：tapas-core、tapas-plugins。
更改日志
- 22/06/2020 V0.6.3：新模块（CLIJFilters、EDT+EVF、localThickness、CloseLabels）。改了？名字？用“Image”。通用图像处理，默认为 TAPAS-FILES 的 ImagePlus.Folder attachments。
- 19/09/2019 V0.51：小行李，Omero 的新模块负载附件
- 2019年8月29日 V0.5 ：稳定版本。新模块（见列表）
- 06/05/2019 V0.41beta : 修复Windows上输入/输出的错误
- 05/03/2019 V0.4beta：通道和帧现在从1开始，Omero Load中的新分箱选项，模块3dfilters被重命名为过滤器并具有参数radxy（而不是radx和rady），关于测量和量化的新教程
- 01/02/2019 V0.3beta：第一个测试版本
