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拼接数据采集

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WiscScan 数据采集

/media/ows-1.jpg

Microscope setup

1.确保所使用的镜像已正确设置： 1. On the computer, click and hold the shutter button until it turns yellow. The shutter is now activated 2. Ensure the the outer shutter lever is pointing towards “Lamp” and the inner shutter lever is pointing to the right 3. Turn on the xyz controller

-   NOTE: Do not attempt to adjust the focus of the image with the manual knob while the controller is engaged. You will wear down the gears.
    </ol> 2.将外光栅杆移向“图像”，将内光栅杆移向“图像” 3.开放普克尔电池 4.打开Ti Sapph控制器 5.登录WiscScan 6.打开检测器
  • 注意：在主灯关闭之前请勿打开窗帘。您会损坏窗帘。
  • 开始扫描并确保图像位于屏幕左侧的焦点<\\li>
  • 使用计算机 xyz 控制器选择初始图像帧
  • 调整波克细胞刻度盘，直到您可以在屏幕右侧看到图像（蓝色部分）
  • 调整探测器，以便在图像框中只能看到少量红色。如果对比度太大，就会烧坏显微镜的激光
    • -注意：读数的正常范围是300-500。你不应该超过620。
  • 停止扫描
  • 通过选择“手动更新”然后“设置 0”来定义元数据中的开始位置
  • 使用生成网格生成图像采集的详细信息
  • 设置拍摄的每张图像的尺寸（以微米为单位）
  • 设置您希望图像中的重叠量，然后按“计算位置数”
    • - 注意 - 您还可以设置自己的步长和重叠量并计算每个图像的大小
  • 计算完所有必要的位置后，您可以使用“保存位置”按钮保存此数据，并在稍后将其加载回 WiscScan
  • 选择Z电机
  • 在4D成像下，计算Z底部、Z顶部和Z步长
  • 除非您在样品的多个平面上成像，否则这些数字应设置为 0
  • 选择“使用XY坐标”然后开始序列
  • WiscScan 运行后，您的输出将是一系列可以拼接在一起的图像。
    • -注意-在图像中可以看到明显数量的重叠，则显微镜的核心设置中如果存在像素到微米的主轴。要解决此问题，请重新安排工作站的物镜。 ## 生成网格
    basicgrid

    BasicGrid.png

    ### 基本网格 1.分别在\#X和\#Y中填写X和Y的尺寸
    overlappedgrid

    OverlappedGrid.png

  • 输入步长（以微米为单位）
  • 选择“根据\# Pos计算总大小”以查找拼接图像的总大小（可选）
  • 选择“确定”
    • </ol> ###网格面积 1.利用“计算重叠重叠”设置您想要的图像中的重叠重叠 2. 输入 X 和 Y 的尺寸<\\li> 3.选择“根据\#Pos计算总大小”来查找拼接图像的总大小（可选） 4.选择“确定” ###使用总样本量计算网格
    samplesize

    SampleSize.png

    1. 在“总尺寸”框中输入拼接图像的总尺寸（以微米为单位） 2. 输入拼接图像的步长或重叠，然后“根据\# Pos计算总大小” 3.选择“确定” ###计算两个阶段之间位置的网格 1.使用预先计算的值或重叠确定步长
    stagegrid

    StageGrid.png

  • 扫描期间，使用 XY 电机控制器将组织的一角定位到视野中
  • 选择“设置起始角的当前位置”
  • 选择“确定”
    • </ol> # 画廊
    (xyz computer controller) (xyz computer controller)
    (Internal microscope lever) (Internal microscope lever)
    (XYZ controller) (XYZ controller)
    (Pockel Cell machine) (Pockel Cell machine)
    (Ti Sapph Shutter control) (Ti Sapph Shutter control)
    Detector Detector