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堆栈对象组合器
由于 Ilastik 的 3D 分割（内存和处理）的立方成本，不可能一次性处理完整的 EM 图像堆栈。
想要完全架构，需要将堆栈中断几部分。但此操作将对象切割成2个或更多部分，而这些对象将丢失原始堆栈的坐标系。
该插件的目的是替换原始位置的对象，并提供一个工具允许用户合并已剪切的 3D 对象。
安装
Bug with memory watch parameter, increase it so its not a limit for the plugin anymore (higher than what IJ is allowed to have, e.g. 8000 if IJ is allowed to have 8GBytes)
该插件可以在 github project 的发布选项卡中找到（请获取该插件的最新版本）。
下载.jar文件并将其放置在ImageJ的插件文件夹中。
该插件还需要 apache common maths 库。如果您使用 Fiji，则该库已包含组件。如果您使用ImageJ，请下载最新版本放入.jar 文件放入ImageJ/plugins/jars/
界面展示
这是Stack Object Combiner的接口。该窗口包含多个框，允许您设置不同的参数并为您提供网格的概述。
文件夹选择框
这是文件夹盒。选择包含网格物体的文件夹。要仅使用此文件夹内的某些网格物体，请使用“名称模式”功能。写入文件包含的字符，然后单击“实现”。该模式是Regular expression。
最后，“Actualise”允许您刷新文件夹，例如，如果您删除或添加了文件。
切换框
在移动方框中，设置立方体的位置和尺寸。要在重建体积中的坐标处移动网格，请给出X、Y和Z方向的移动值。（请参见下图以了解每个值对应的内容）。X、Y和Z分别对应于堆栈A的宽度、高度和深度（不要将这里还必须给出整个体积的宽度、高度和深度与Shift X、Y和Z的值一致的模型A的宽度、高度和深度一致）。
设置这些值后，单击“移动”以移动首发的所有网格。如网格移回其原始位置，请单击“取消移动”。
您在此处给出的给出的值首先将用于合并网格。对于自动合并，您必须整个体积的宽度、高度和深度。
Meshes listing box
In this box, the meshes are placed in the list corresponding to the different volumes. To be listed, the prefix of the mesh name must match the volume name. For example, a dendrite that need to be placed in the A volume can be called A_dendrite.obj (a_dendrite also work). Note that the “_” after the letter is necessary for the object to be recognized by the plugin.
Automatic merging box
This box contain the different parameters to merge the meshes automatically. The parameters correspond to constants inside the plugin, and changing them can help to resolve malfunctioning of the plugin. Here is a description of the different parameters:
- 边界最小亲和力：范围[0 - 1] 它是两个网格具有相似属性的阈值。在自动合并模式下，插件计算网格的每个边界的周长、体积和重心位置。计算边界之间的相似度值。如果高于该参数，则边界兼容合并。
- 边界分离：网格的边界必须分解为片段，仅位于体积的一侧。该参数有助于分隔边界。如果出现“分离边框时出错”消息，请增大此参数。
- 距离窗口：它是网格顶点和分割点之间的距离。可以使用此参数修改边界分离的质量。
- 顶点配对：当两个边界兼容时，必须创建新的面。该值表示组合在一起的顶点集的大小。这些组可用于防止网格之间形成异常面。
- 内存监视：如果可用内存低于此值，插件将从内存中删除之前处理的所有网格以腾出空间。但是，当插件到达最后一步时，将需要重新加载所有网格。 （值以兆字节为单位）
Bug with this parameter, increase it so its not a limit for the plugin anymore (higher than what IJ is allowed to have, e.g. 8000 if IJ is allowed to have 8GBytes)
设置参数后，单击“自动合并”。合并的痕迹将出现在日志中。
手动合并盒
你的手动合并是插件的较旧的实现。自动版本应该比这个版本更高效、更可靠。但是，如果自动版本无法正确的布局网格，则使用手动合并可能会产生不同的结果。检测和布局边界的方式是不同的，在这种模式下，融合可以选择哪两个对象在一起。
以下为参数说明：
- 边界最小亲和性：与自动版本中使用的相同。但是，这里的阈值仅适用于边界的长度。
- 中心位置距离：亲密中心距离的公差（中心是根据真实顶点的平均计算的，因此不太可靠）。仅适用于对称伴侣。
- 距离窗口：与自动版本中使用的相同。
- 尾部长度：从线性边界终止去除的顶点数。由于到分割线的距离，一些伪影可能会出现在线性边界的终止处。此参数有助于解决此问题。
- 边缘：与自动版本中使用的相同。
设置参数后，添加要融合选择的网格。在列表中，单击“»>”按钮。您还可以使用键盘“A”来添加突出显示的网格。
最后单击“管理”按钮或使用快捷键“S”。
示例
在此示例中，您可以使用3DViewer或Blender查看不同的步骤。
1.下载甜甜圈形状的线粒体，分为4部分MitoDonut Meshes.zip 2.启动插件，并给出包含.obj文件的目录
- X 地质：192 Y 地质：214 Z 地质：500
- 宽度：600 高度：600 深度：600 5.点击“Shift”按钮移动网格。
- 现在使用自动合并按钮合并网格，或者使用手动合并两两合并。 7.查看结果
参考
该插件尚未发布，但如果您想引用，可以随时将其称为 T. Boissonnet，“ImageJ 的堆栈对象组合器插件”，https://imagej.net/plugins/stack-object-combiner, 2015 年 10 月
联系方式
如有任何建议、疑问、问题或只是提供反馈，请随时联系 Tom Boissonnet，邮箱为 tom.boissonnet@embl.it
许可证
该程序是免费软件；您可以根据自由软件基金会 (http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt) 发布的 GNU 通用公共许可证 的条款重新分发和/或修改它。
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