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ComDet.jar + for ImageJ Jama lib |
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用于发现和/或分析具有异质背景（望远镜、天文学、工程等）的图像中的亮强度点（细胞、颗粒、囊泡、彗星、点等）的共定位的衍生品。
相关插件安装的帮助，请参阅instructions。
如何使用插件
在 ImageJ 中打开要分析的图像。一般来说，该插件有多种工作模式：
- 颗粒检测（整个图像或ROI）
- 样本检测和共定位分析（整个图像或 ROI）。
对于共定位，您需要一个包含多个颜色通道（两个或更多）的color composite image。插件自动检测通道数，如果超过一个，则插件将自动切换到第二种模式（见下文）。
该插件适用于时间/z 堆栈。
选择Plugins › ComDet › Detect Particles启动检测。
简单检测（1通道）
如果图像不是多通道图像，则出现以下对话框：
指定估计的样本大小和强度阈值（假设样本），然后按“确定”。为了获得的检测效果，通常您需要调整参数并查看效果如何。补充“预览…”允许查看当前图片的检测并简化此任务。“ROI 形状”选项允许您选择是否希望检测显示为“稀疏形”或“均衡”。
默认情况下，插件仅查找指定大小的粒子。如果您选中“包括增加颗粒？”框，它也尝试猜测增加的点。
如果选中“分割更大颗粒（慢）？”框，如果的话，插件将尝试进一步将大颗粒分割成更小的点。顾名思义，这个过程需要计算能力而且可能很慢，尤其是在大图像上。
如果您选择添加到 ROI 管理器选项（“所有粒子”），插件将插入检测到周围粒子的平均 ROI 添加到 ROI Manager。 ROI 的格式为 ind(检测\结果表中的#)_ch(#channel)_sl(#slice)_fr(#frame)。
单击“确定”后，插件运行并在检测到的粒子顶部添加椭圆/形状。
另外将为您提供包含补充剂的结果表（见下文）和摘要表。我建议使用参数来获得良好的检测结果。
ROI 中的检测
如果您希望在某个特定区域而不是整个图像中执行检测，请在启动插件之前使用任何 ImageJ ROI 选择工具选择一些 ROI：
在这种情况下，仅检测 ROI 中的粒子（在“预览..”模式下也受支持）：
多通道图像（两个或多个通道）中的检测和共定位
如果您的图像包含多个通道，则按“检测探针”后，对话框将看起来不同：
首先，插件会显示上面每个的常规设置窗口，然后会继续显示一系列参数窗口，指定通道的检测参数。要获得共定位分析，您需要选中“计算共定位？”框。如果取消选中，则仅执行检测。
在共定位的情况下还有一个附加参数：点中心之间的最大距离。它定义了不同通道中的两个点被认为是局部化的距离（以像素为单位）。
所以共定位是基于点中心之间的距离！
按“确定”后，会弹出一系列各通道检测参数窗口：
请注意，在这种情况下，“预览…”按钮仅显示检测，不会标记/分析共定位。 检测完成后，ComDet 使用其自身通道 (LUT) 颜色的整形/图形标记检测到的样本，并使用重叠颜色标记共定位样本：
另外，添加到 ROI Manager 选项也可用。 ROI 的名称格式为 ind(检测\结果表中的#)_ch(#channel)_sl(#slice)_fr(#frame)。您可以添加所有检测到的粒子或仅添加共定位的粒子。
仅限 ROI 检测模式（如上所述）在这种情况下也会自动工作。
结果表
这是结果表的示例（摘要表是不言自明的）。
列是：
- Abs_frame = 堆栈/超堆栈中的绝对帧号（唯一帧号）
- X_(px) = x 点坐标（质心雕塑）
- Y_(px) = y 点坐标（质心雕塑）
- 通道 = 检测到探针的相应通道号
- Slice = 相应的切片份量（如果是z-stack）
- Frame = 相应的帧号（如果是延迟摄影）
- xMin、yMin、xMax、yMax = 点周围拟合的坐标（以像素为单位）
- NArea = thresholded area点的像素数
- IntegrIntChX = 每个通道（由 X 数字标记）显示像素的综合强度：thresholded area内所有像素强度的总和像素的平均显示背景特定。背景值计算为沿周围像素的平均强度。 10.该通道中该点共定位（用X编号标记），则ColocChX = 等于1，否则等于0。请注意，在检测到粒子本身的通道中它始终为1（因此它与自身共定位）。另外请记住，如果三个不同通道的三个粒子共定位，结果表中将出现三行。
- ColocIndChX = 对应于结果表中的唯一检测索引（最后一列），对应于另一个通道中的探针（如果共定位）。否则为零。
- 指数 = 辅助检测的唯一指数。
附加信息
有关检测说明，请参见How does detection work?也可使用updates history。
