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简单的 ImageJ/Fiji 插件可涉及某个点随时间变化的强度。
安装
要安装此插件，请检查斐济更新程序中的“ValelabUtils”update site。
满足
该插件有两个阶段，在第一阶段它检测到出现。它通过使用用户定义大小的框（“光斑半径（像素）”）扫描图像中的局部峰值来实现这一点。当这四个角的用户定义数字（“噪声容限”）时，接受局部突变。通过平均前n个图像（“检查前n帧”）构建的图像进行点查找。该相同图像用于计算（当前使用ImageJ背景工具使用球半径100）并选中完成“滑动抛物面”来）。
在第二阶段，计算每个时间点每个点的强度。首先从每一帧中丢失背景图像，然后计算以中心（最大）像素为中心的给定半径的圆内所有像素的强度。在结果表中选择一天时，会生成一个图，其中强度随时间相关。然后图像本身将选择最近的点，选择表中的相应行和相关性强度图。通过选择表格，然后选择菜单中的File › Open Samples › Tracks for TrackMate来导出数据。输出表中的前两列可以是该点的x和 y 位置（以像素为单位）。键盘键“j”将向上滚动，键“k”将向上滚动。
如果延迟图像中有明显的运动，您首先需要使用另一个 ImageJ 插件“蹲去”。
测试
| 要测试插件，请使用数据：File › Save As。转换为16位（图像 | 类型 | 16 位）。在光斑强度分析插件中，将时间间隔设置为 1.0，将每个 ADU 的电子设置为 1.0，将检查前 n 帧设置为 10，将光斑辐射（像素）设置为 3，将噪声容差设置为 45，将背景估计设置为 Median-40。确定。您应该得到一个有 3行的表格。单击表格中的任何行或图像中的红色发票应显示带有强度剖面图的图表。 |
常见问题
当插件无法在您的堆栈上工作时，或者仅在第一张图像上工作时，请确保 ImageJ 将您的堆栈视为延迟堆栈，而不是 Z 堆栈。为此，请转到Image › Properties…，并确保切片数为 1，并且帧数为堆栈长度。如果情况并非如此，请更改对话框中的数字。
历史
- 2018-01-18 - 版本 0.3。更新以匹配 jfreechart 库中的更改
- 2017-07-04 - 版本 0.22。使用高斯模糊来确定背景而不是滚动球。在计算中使用浮点数而不是长整数像素削波和负值。应该会产生的精度和更好的背景估计。
