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空间病理学插件
满足
这是一个以胃肠道为中心的空间病理学插件，可推进胃肠道上皮组织空间分析的研究，以空间雕塑定制组织景观中的免疫染色标记。
安装
要使用这个插件，你需要斐济，这是ImageJ的最新版本，你必须使用这个版本才能获得远程更新。该插件托管在远程网络服务器上，因此您可以使用本教程下载它：https://imagej.net/update-sites/following并使用 URL http://sites.imagej.net/SpatialPathology/ 您只需在第一次安装时执行此操作，如果安装正确，您将在插件文件夹中看到“SpatialpathologyIJMJava”，如果对插件进行任何更改，您所需要做的就是更新您的图像。
工作流程
当您启动插件时，系统会立即询问您想要的bin间隔是多少。运行图像后，到用户选定点的归一化距离范围为0（直接在轴线上）或1.0（直接在顶线上）。 示例（假设您选择的 bin 间隔为 0.1）：距离将不平等为这样的图表：0.1、0.2、0.3 … 1.0。之后，系统会要求您通过 .csv 放置点。此 CSV 的格式只是两列 csv，其中一列是 x，另一列是 y。
批处理
如果您想使用另一张图像重复，系统将提示您。每个图像都将数据输出中详细说明的两个 Excel 文件，但请记住，虽然具有图像名称的 xls图像文件将特定于其运行的，但直方图将说明在该部分中运行的所有图像。IE：如果您发现运行了错误类型的或者注释得不好，您可以从上一个图像中获得全部结果，并且基本上有一个清晰的重新启动点。
多标记类型支持
土耳其2024年7月10日，该插件现在支持运行多个标记。上传CSV时，只需指定要上传的CSV数量，跟踪标记类型将本在机处理。为了确保使用CSV正确处理标记类型，请确保通过添加标题为“MarkerType”的列来指定每个标记类型，并确保在那里处理这些点。手动选择，现在会出现提示，询问您指定的标记类型，这将反映在输出Excel文件中。
输出数据
为了图像保存，系统会提示您选择一个文件夹，我强烈您将所有内容保存在与图像相同的文件夹中，因为所有输出都被编码为与图像相同的信息。在我的实践中，这是除去所有内容插件的最明智的方法。图像保存格式为.tiff，但该接受ImageJ接受的输入。重新有两个Excel工作表作为输出。其中之一是图像中的所有信息（质心坐标、从底部到质心的距离、从顶部到质心的距离以及归一化距离）。另一个是使用用户之前指定的归一化距离和箱间隔进行平均的。
###常用命令： ctrl + a：删除删除当前选择，这是让您重做弹出的任何内容的绝佳方法
问题（？）
如果您有任何疑问或问题，请与我联系或在 github 中创建问题。虽然这是一个隶属于维克森林大学 Weis 实验室的插件，但我是唯一的开发人员，因此如果您遇到任何问题，与他们联系将是徒劳的，但我很乐意提供任何帮助。
