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** 幻灯片 J**
SlideJ 是一个用于处理数字幻灯片（也称为虚拟幻灯片、WSI 等）的 ImageJ 插件。 SlideJ 是一个用于处理数字幻灯片（也称为虚拟幻灯片、WSI 等）的 ImageJ 插件。 SlideJ 已在以下格式的幻灯片上进行了测试：Aperio .SVS、Leica .SCN、Hamamatsu .NDPI、Mirax、通用平铺 TIFF 和惯例TIFF。它的工作原理就是将幻灯片分割成方形图块，并在每个图块上迭代用户可配置的宏。
SlideJ 可以直接从 ImageJ 用户界面调用，但与许多其他插件一样，也可以从另一个宏调用。启动时，会显示一个模式对话框来配置主要执行参数。
SlideJ 可在 https://github.com/MITEL-UNIUD/SlideJ 获取
动机
SlideJ 的目的是提供一个通用框架，用于使用 ImageJ 进行图像处理和数字幻灯片分析的快速原型设计。它基于 Bio-Formats，晚上创建已经提供了数字幻灯片访问，但 SlideJ 添加了一个对许多算法（尽管不是全部）有用的抽象层。
SlideJ 的开发得到了欧盟居里夫人项目AIDPATH的部分支持，授权号： 612471。
安装
要安装SlideJ，只需将其放入ImageJ的Plugins文件夹中即可。唯一的要求是Bio-Formats包和fiji-lib.jar（将它们放在ImageJ的jar文件夹中，或者直接使用Fiji。
说明
该插件的界面是一个模块，类似于 ImageJ 中用于批量宏执行的对话框。用户可以通过分别在“输入…”和“输出…”字段中设置路径来处理图像文件夹中的多个，把最终结果存储在不同的文件夹中。宏选择按钮允许用户包含选择要在图块上存在执行的宏的文件。
另一个参数旨在根据用户需求设置图块大小（通常取决于最大可用内存 - 越多越好，最多 16384 左右）。除此之外，另一个参数定义了图块之间的重叠，X 和 Y 方向（对于某些算法有用）。
最后一个参数定义在每个处理步骤之后是否删除图块。如果没有，将在 SlideJ 运行后可用。切片以 TIFF 格式存储，其文件名根据以下模板反映其在整个数字幻灯片上的位置：
OriginalFileName.ext__series_Xorigin_Yorigin.tif
测试
要测试SlideJ，请创建一个文件夹（例如“in”）将数字幻灯片放入其中；创建另一个文件夹来存储图块（例如“out”）。选择要在幻灯片上运行的宏。从ImageJ插件菜单中，调用插件，设置参数，然后等待。
许可证
SlideJ根据LGPL 3.0获得许可。
作者
SlideJ 由 Medical Informatics, Telemedicine and eHealth Lab 部门的 Giulia Lucrezia Baroni、Vincenzo Della Mea 和 David Pilutti 开发。意大利乌迪内大学数学、计算机科学和物理系。
如果您使用它，请引用 Slidej：Della Mea V、Baroni GL、Pilutti D、Di Loreto C (2017) SlideJ：用于自动处理整个幻灯片的 ImageJ 插件。 PLoS ONE 12(7): e0180540.
