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通用

该插件可以平滑二值图像中对象的轮廓。应用傅里叶变换与傅里叶描述符（FD）滤波相结合来进行平滑。用户可以通过设置 FD 数量（相对或绝对）来定义轮廓平滑的度量。所有达到选定阈值的 FD 都是尺度、旋转和平移不变的。

背景

该插件首先提取输入图像中找到的所有对象的轮廓。物体识别和轮廓提取都是使用IJBlob进行的。然后按以下方式一次处理一个轮廓：

对轮廓数据（轮廓点的坐标）应用离散傅里叶变换以获得FD
根据用户输入过滤 FD – 仅保留接近零频率（来自两侧）的 FD。其他的被切断，意味着它们被设置为0+0i。 3.对滤波后的（或“保留的”）FD进行逆傅里叶变换以获得平滑轮廓的点。

为了实现傅立叶变换，使用了JTransforms。

FD 滤波的一些理论背景：步骤 1 的结果是一系列中间具有零频率 (ZF) 的 FD。 ZF对于重建轮廓的空间信息至关重要。频率或FD越接近ZF（无论哪一边）包含的信息越多。因此，在步骤2中，将获得的序列两端的FD设置为0+0i以实现平滑。

首先，用户必须选择如何定义平滑：通过要“保留”的 FD 的相对或绝对数量。

相对比例 FD (%)： FD 的相对数量（相对于可用 FD 的数量）将用于平滑轮廓。

FD 的绝对数量： FD 的绝对数量将用于平滑轮廓。

仅绘制轮廓： 如果选择此选项，则仅绘制对象的平滑轮廓（而不填充它们）。

输出描述符： 如果选择，处理后将显示一个包含所有 FD 的表。（过滤后的 FD 的值为 0+0i。）

黑色背景： 如果输入图像中的背景为黑色且对象为白色，请选择此选项。（插件根据基本的背景检测预填充此参数）

$none\|300px\|Original image$ none|300px|Original image

$none\|300px\|Smoothed object (4% of FDs retained)$ none|300px|Smoothed object (4% of FDs retained)

$none\|300px\|Smoothed contour (2% of FDs retained)$ none|300px|Smoothed contour (2% of FDs retained)

您只需使用我们的更新网站biomedgroup即可安装该插件。

如果您使用 ImageJ，只需将 ij_shape_smoothing-1.0.1.jar 文件复制到您的插件文件夹中，并将 IJBlob 和 JTransforms jar 复制到 plugins/jars 文件夹中。