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ImageJ/Fiji 插件用于分析扫描角度关联数据。
安装
要安装此插件，请检查斐济更新程序中的“ValelabUtils”更新站点。请注意，该插件已于 2026 年 1 月 28 日更新至版本 1.10.0，以适用于最新的斐济版本。
说明
SAIM（扫描角干涉脊柱）是一种以纳米分辨率测量荧光染料到表面距离的技术。要使用它，需要将样品放置在带有硅氧化物（玻璃）垫片的硅芯片（作为镜子）上。相干激发光的反射将警告并建立驻波图案，从而导致荧光强度随着距表面的距离而变化。通过改变焦点，驻波图案以可预测的方式发生变化，并且可以使用一系列不同角度的图像来推断荧光分子的高度，而与荧光分子的强度无关。 Paszek et al.很好地了这项技术，并且该插件使用Paszek等人的难题。带有一些SAIM Math.pdf扩展的论文可以。完整的描述在our manuscript或the preprint version on BiorXiv中找到。。如果您使用此插件，请经常引用该论文描述。
该插件由三部分组成。 “Saim 图”作为高度函数的强度分布的理论预测。
“Saim Inspect”和“Saim Fit”非常相似，但是，Saim Inspect 将作用于 ROI 的平均值（例如，光标下的像素）并仅执行单个拟合，而 Saim Fit 将分析图像堆栈的所有像素。您可能希望首先使用 Saim Inspect 来确定 A、B 和高度的合理猜测。请注意，您可以对高度进行多次猜测（以逗号值的形式输入，即“50.0, 200.0, 350.0”），当图像中的高度跨度超过 ~150nm 时，就需要这样做。使用 Saim Inspect 建立 A、B 和高度的最佳猜测（从接近最终值的猜测开始将减少计算时间）。
Saim Fit 将输入堆栈中的每个像素并输出包含 4 个图像的堆栈，第一个图像是高度图（以 nm 为单位），第二个图像具有 r 平方值（表示 0 到 1 之间的值的移植优化度，越接近 1，连接效果越好），第三个图像显示“A”的值，最后一个图像“B”的值。 Saim Fit 将使用第 Edit › Options › Memory & Threads中允许的多线程，最好装数值设置为计算机中的核心数。如果在获取堆栈时有明显的移动，您首先需要使用另一个 ImageJ 插件（例如 StackReg）“去”。默认情况下，图像输出将带有 Fire LUT。注意“阈值”参数。仅分析强度在阈值的像素。这可以大大减少分析时间（“暗”将像素难度很高并且通常无趣）。
在宏中的使用
要在宏中调用 Saim 分析代码，请使用“Fit_Macro”插件。宏可以如下所示：
运行（“Fit_Macro”，“波长=488样本=1.32氧化物=1900第一=-42步=1a=3高度=28.0”）;
示例数据
这些数据集是通过对用 DiO (488)、DiI(561) 和 DiD(640nm) 染色的磷脂进行成像而获得的（数据由 Kate Carbone 获取）。下面显示用于分析的参数。
640 data set
我们获得的一些单像素拟合如下所示：
历史
- 1.10.0 (2026-01-28)：更新了依赖项以适用于最新的斐济版本（所有问题由 JFreeChart 引起）
- 1.0.8 (2016-09-28): 添加了 Fit_Macro，这是 Fit 插件的支持版本，可以从宏调用
- 1.0.7 (2016-04-22): 修复了导致大多数像素不适合的错误
- 1.0.6 (2016-04-21)：增加了从检查模块导出数据和预测的功能。
- 1.0.5 (2016-04-05)：大多数设置现在在所有 3 个插件之间共享并被记住。现在可以在一个模块中输入多个起始高度，报告一个最小的结果。
- 1.0.4 (2016-4-05)：可以在 Inspect 中以分隔分隔列表的形式输入多个高度。它们发出用于提示数据，并报告最佳提示。
- 1.0.2 (2016-01-22): 从绘图模块导出预测数据的功能
- 1.0.1 (2016-01-12)：将 rTE 的计算更改为正确的肤色公式
