RunImageJScript 是一个 CellProfiler 插件，允许添加运行 ImageJ 脚本的新模块类型。基于 PyImageJ 核心构建，图像数据在两个应用程序之间跨越跨越的 Java-Python 边界可以自由交换。
＃＃安装
Note: you will need to build CellProfiler from source to support RunImageJScript
CellProfiler 有一个plugin mechanism，允许运行时扩展，但需要注意的是不支持开箱即用的需要外部库的插件。不幸的是，这包括§§§0模块§§§，因为它依赖于 PyImageJ 和相关软件。
从源代码构建
您将需要创建一个包含 PyImageJ 和 CellProfiler 的 python 环境（无论是通过 venv、conda 还是您的系统范围环境）：
1.激活您选择的环境 1.Install PyImageJ
- 通过 downloading it 或通过您平台的包管理器安装Maven。
mvn命令必须在您的系统路径上可用。 1.使用Git，克隆CellProfiler-plugins来获取源代码 - 在第 CellProfiler wiki 上，按照适合您的网络的安装说明进行操作
添加 CellProfiler 插件
- 使用Git，克隆CellProfiler得到
RunImageJScript模块 1.打开您之前安装的CellProfiler，将CellProfiler plugins directory设置为您刚刚克隆的CellProfiler-plugins仓储库的iPhone 1.重启CellProfiler完成安装
使用 RunImageJScript 模块
在Installation之后，我们现在可以在运行的CellProfiler中RunImageJScript创建模块。
- 使用Edit › Add Module › Advanced › RunImageJScript将新模块添加到您的管道中
1.选择ImageJ/Fiji的初始化方式。这遵循PyImageJ initialization相同的原则：
- 本地 将指向磁盘上的
Fiji.app。这是唯一不会自动下载和存储附加资源的选项 - 端点 将获取一个或多个端点的列表，例如
sc.fiji:fiji:2.3.1 - 最新 将默认为最新版本
- 选择要运行的 ImageJ 脚本。这可以是任何 ImageJ2 风格的脚本，强烈建议阅读 Scripting in ImageJ，从而了解基本概念和语法。您选择任何受支持语言的脚本（除了 Python）。一个起点是Tutorials script templates。关于 RunImageJScript 编写的脚本还有一些附加说明：
- 请注意，保存 CellProfiler 工作流程将保存脚本的“路径”，但不会保存脚本的主体。您必须使用工作对脚本进行版本控制和分发，以便可重复性。
- 单击
Get parameters from script按钮检测脚本的参数并在 CellProfiler 中公开它们。请注意，第一次运行它可能会很慢，因为运行 ImageJ 的 Java 进程已配置。同样 CellProfiler 会话中的后续解析应该快部分。
@Parameters图像或基本（数字、文本）类型将自动转换为 CellProfiler 设置。这可能意味着具有专门参数的脚本目前不适合 RunImageJScript 1.根据需要调整参数值
- 可以从 CellProfiler GUI 中删除参数设置。这将停止显示输出。对于输入，ImageJ 尝试对默认值做出合理的猜测，但删除按键输入可能会导致脚本失败。
- （任选） 取消
Adjust image type- 默认情况下启用此设置，ImageJ 通常期望图像为无符号整数类型，而 CellProfiler 始终使用有符号浮点类型。仅当您的脚本考虑到正在签名的浮动图像时才应禁用它。
- 运行您的工作流程
- 如果
RunImageJScript是您唯一的模块，您可以在此时运行（假设您已经将图像加载到管道中）。您还可以根据需要在上游/下游连接更多模块。
故障排除
如果您遇到任何问题，请通过the Image.sc forum与我们联系。
