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质量控制CT

自迁移出 MediaWiki 以来，本页内容尚未经过审查。如果您愿意帮忙，请查看帮助指南！

总结

该模块包含用于Stractec pQCT软组织和二次图像的工具。专为以下分析和设计：

  • 传统的立体分析（例如广场和体积骨密度）
  • 区域骨密度计算（密度分布1）
  • 管状骨的骨髓分析2
  • 传统软组织分析（例如皮下脂肪面积、麻醉面积）2

安装

1) Plugins › pQCT › Distribution Analysis

2) 管理更新站点

3) 选中“/plugins/pqct”表单

4) 关闭列表

5) 单击“应用更改”

6)重启斐济/ImageJ

7) Plugins下会出现一个名为 pQCT 的新子目录

8) 当有新版本的 pQCT 可用时，更新系统现在会通知您

分布分析

Plugins › pQCT › Distribution Analysis

pQCT 图像分析的主要工具。在运行此工具之前，您必须先打开图像。

Selections

  • 水平映射：水平映射图像
  • 垂直翻转：垂直翻转图像
  • 无过滤：防止 3x3 骨骼中值过滤和 7x7 软组织过滤。

  • 测量管：移除了某些版本的 XCT3000 测量设备用于下肢测量的管子。

  • 空气阈值：前景像素（所有组织）的阈值。值小于此值的像素被视为背景。
  • 脂肪阈值：值为 \(air \leq x < fat\) 的像素被视为脂肪组织。
  • 肌肉阈值：肌肉组织的阈值。
  • 骨髓阈值：将骨髓与骨骼分开。骨骼区域内阈值的像素 \(\leq\) 被视为骨髓。
  • 软组织阈值：将骨骼与软组织分开。阈值\(\geq\) 像素被视为软组织。
  • 区域阈值：将骨骼与其他物体分开。用于总面积 (ToA) 和 bmd (ToD) 以及皮质面积 (CoA) 和 SSI 和 BSId 计算。

  • BMD 阈值：将皮质骨与其他骨分开。用于密度分布和皮质密度 (CoD) 分析。

  • 缩放系数：首先将变量变量读取的原始整数值缩放为BMD值的系数，即\(y = a+bx\)中的原始值项\(b\)（注意，在Stratec文件的减少情况下，在应用缩放\(2^{15}\)的值，以说明这些值存储为16位有符号整数，而ImageJ使用16位无符号整数。另外，根据图像头信息之前来自Stratec .TYP文件列表中检索缩放比例。对于 DICOM 文件，在应用此缩放比例之前应用 DICOM 缩放比例（通常为 \(y = -1000+1x\)）。

  • 缩放常数：用作将从图像文件读取的原始整数值缩放为 BMD 值的常数，即 \(y = a+bx\) 中的术语 \(a\)。

  • ROI选择：选择分析哪个分支。一次总是针对一根骨头生成结果。
  • 软组织 ROI 选择：用于定义分析哪个软组织区域。一次始终针对一个软组织区域生成结果。

  • 旋转选择：用于定义质量分布、同心密度分布和密度分布结果如何对齐。

  • 分析结果：是否（勾选）分析ToA、ToD、SSI、CoA、CoD 和 BSId。
  • 分析质量分布：是否（勾选）是否分析质量分布。
  • 分析同心密度分布：是否（勾选）是否分析同心密度分布。对于例如有用远端骨无髓腔。分析从骨区域中心开始的 10 个解剖同心环中的密度分布。
  • 分析密度分布：是否（勾选）是否分析密度分布。注意：对于没有髓腔的骨骼不会产生有意义的结果。
  • 分析软组织：是否（勾选）是否分析软组织。
  • 防止PVE像素剥落：是否（勾选）在密度分布分析中防止最外层和最内层像素剥落。有用的，例如用于对皮质薄的受试者进行分析。注意：在解释结果时应牢记包含 PVE 像素！
  • 允许劈裂：用于分离与狭窄结构连接的骨/软组织区域。通过查看沿边缘的两点之间的距离与点之间的最短距离的比率来进行切割。如果比率的最大值足够高，则比率最高的点将用直线连接，并且生成的边之一将被丢弃。例如。对于圆形，最大比率为 \(\frac{\pi}{2} / d \approx 1.57\)，对于正方形，最大比率为 \(\frac{2}{\sqrt{2}} = \sqrt{2} \approx 1.41\)。
  • 抑制结果图像：分析会弹出结果图像，可以通过勾选此框来抑制结果图像。有用的，例如用于批处理。
  • 将 ROI 搜索限制为手动选择：如果勾选，则仅在手动描绘的 ROI 中搜索骨骼和软组织（使用在执行分布分析之前使用 ImageJ ROI 工具选择的 ROI）。
  • 手动设置分布结果旋转：如果勾选，密度分布结果将根据下面文本框中给出的值进行旋转。

  • 手动旋转：如果勾选上面的框，密度分布结果将根据此处给出的度值进行旋转（有用，例如当自动旋转失败时）。

  • 猜测跳跃允许：如果勾选，将尝试猜测结果需要是否跳跃。
  • 猜对：如果勾选，将尝试猜测结果是否需要翻转。如果选定的骨骼更接近图像左/上边框（分别未勾选“堆叠”或“勾选”），则结果不会翻转。
  • 猜测更大：如果勾选，将尝试猜测结果是否需要翻转。如果较大的骨骼更接近图像左/上边界（分别未勾选“堆叠”或“勾选”），则结果不会翻转。
  • 堆叠骨骼：仅在勾选“猜测正确”或“猜测较大”时使用。堆叠意味着骨骼在图像中应位于彼此的顶部（例如 Stratec 图像中的胫骨中轴）。
  • 猜测堆叠：仅在勾选“猜测正确”或“猜测较大”时使用。尝试猜测骨头是否堆叠在一起。默认猜测不是，但如果两个最大骨骼中心的 y 轴距离相差超过 x 轴距离的 1.1 倍，则骨骼被视为堆叠。
  • 反转翻转猜测：如果勾选，将反转猜测正确或猜测更大的翻转猜测。对于例如有用分析同一图像中的两个骨骼，以类似地对齐分布结果。
  • 翻转分布结果：勾选后，分布结果将翻转为镜像。对于例如有用比较左腿和右腿。
  • 将视觉结果图像保存在磁盘上：如果勾选，会将磁盘上的视觉结果图像保存到下面文本框中给出的路径中。有用的，例如用于批处理，允许在运行批处理后目视检查结果。
  • 图像保存路径：如果勾选上述复选框，则此文本框中给出的路径将用作保存视觉结果图像的路径，即 c:/path/to/save/to/。记得添加尾随/。路径中可以使用 / 或 \。

    分配分析结果

对齐

  • 为每个\(10^\circ\)扇区生成内皮层和皮层周围半径，以及内皮层、中皮层和皮层周围密度。
  • 从\(0^\circ\)到\(10^\circ\)的扇区始终在视觉结果图像中直接右键打开。
  • 扇区在图像结果中按顺时针方向增加，如果结果反转，则按逆时针方向增加。
    • If you have selected flip distribution results, the sectors are still the same, but you will notice that the visual distribution result has been mirrored about the horizontal axis. This flipping is implemented by reversing the distribution results vectors and by making sure that the sector from \(0^\circ\) to \(10^\circ\) remains the same.
    • The color of the line used to delineate the endo- and pericortical border indicates in which direction the sector angle increases. \(0^\circ\) is blue and \(360^\circ\) is green/red.
    • In addition, the original and rotated x- and y- axes are highlighted in the visual image (the origin of which is the origin of the distribution results). The axes extend from origin towards positive coordinate values, green/cyan x-axis and blue/purple y-axis.

      结果标题

阿尔法[度]
结果旋转了多少度

旋转校正[deg]
校正中心扇区 0

骨间距离[mm]
两块骨头的骨头区域中心之间的距离

MuD [毫克/立方厘米]
取出干燥（包括可能的肌内脂肪）

MuA [cm²]
被切除的皮肤（包括可能的肌内脂肪）

LeanMuD [毫克/立方厘米]
取出的密度（不包括可能的肌内脂肪）

LeanMuA [cm²]
被切除的面积（不包括可能的肌内脂肪）

IntraFatD [mg/cm³]
肌内脂肪密度

IntraFatA [cm²]
肌内脂肪面积

FatD [mg/cm³]
总脂肪密度（肌内和皮下）

FatA [cm²]
总脂肪面积（肌内和皮下）

SubCutFatD [mg/cm³]
皮下脂肪密度

SubCutFatA [cm²]
皮下脂肪面积

LimbD [mg/cm³]
肢体密度（包括骨骼）

肢体A [cm²]
肢体区域（包括骨骼）

密度比重[%]
脂肪占总脂肪的百分比

MaMassD [g/cm³]
由主要磷灰石当量密度（HA）转换而来的骨髓质量密度。适用于CT，其中水的HA值为零

StratecMaMassD [g/cm³]
骨髓质量密度从增加磷灰石当量密度（HA）转换为质量密度。适用于Stratec pQCT，其中脂肪的HA值为0

MaD [毫克/立方厘米]
骨髓密度

MaA[mm²]
纳入骨髓分析的面积（注意！= MeA）

CoD [毫克/立方厘米]
电镀密度

CoA [mm²]
前台区

Stratec CoD [mg/cm³]
投票密度（在 Stratec 但是软件进行的分析中，像素需求是连续的。，如果像素不连续，则插件通常会自动定义不正确的 ROI，并且分析将会失败）

Stratec CoA [mm²]
投票区域（在 Stratec 但是软件进行的分析中，像素需求是连续的。，如果像素不连续，则插件通常会自动定义不正确的 ROI，并且分析将失败）

SSI [mm³]
强度扭曲指数（=密度偏差模量）

SSImax [mm³]
最大强度调整指数

SSImin [mm³]
最小强度调整指数

IPO [mm4]
面积极二次矩（=极惯性惯性矩）

Imax [mm4]
最大惯性二次矩（=最大惯性惯性矩）

伊明 [mm4]
最小面积二次矩（最小=圆周面惯性矩）

dwIPO[毫克/厘米]
密度加权面正二阶矩（=极惯性惯性矩）

dwImax [毫克/厘米]
密度加权最大二次面积矩（=最大惯性面惯性矩）

dwImin [mg/cm]
密度加权最小二次面积矩（=最小加权面惯性矩）

ToD [毫克/立方厘米]
总密度

ToA[mm²]
总面积

MeA [mm²]
非头部区（= ToA - CoA）

BSId[g²/cm4]
抗压强度指数（=ToD²*ToA）

解释

** 蝴蝶分布**
Polar
给定扇区三个滑动划分的指示被报告为该扇区的密度。适用于：

  • 0° - 10° … 350° - 360° 重量 [mg]
  • 极地扇区 #0 … #35 vBMD [mg/cm³]

延迟分配
Radial
给定解剖环内36个10°扇区的随手报告为该环的密度。适用于：

  • 径向划分 #0 … #2 vBMD [mg/cm³]

极向和延迟分配
* 上面两者的组合

  • X 分区 0° - 10° … 350° - 360° vBMD [mg/cm³]
  • 0° - 10° … 350° - 360° 内/中/潜水周 vBMD [mg/cm³]

线粒体分布
* 0° - 10° … 350° - 360° 同心分析主轴周围半径 [mm]

  • 0° - 10° … 350° - 360° 内/隐私周半径 [mm]

Radii
皮质内和皮质周半径分别为从骨髓腔质心到皮质内和皮质周边界的距离。在从骨内膜和骨膜分割边界像素层之前计算半径。

导出Stratec标头

Plugins › pQCT › Export Stratec Header

显示当前打开的pQCT图像中保存的元数据。

起重机牵引标头

Plugins › pQCT › Export Stratec Header

可用于保存给定图像文件的新版本，其中选定的元数据字段已被删除。

读取Stratec文件

Plugins › pQCT › Export Stratec Header

使用此插件打开 Stratec pQCT 图片。注意 Plugins › pQCT › Export Stratec Header 或拖动文件失效。

测试图像

您可以下载包含用于分析测试图像的package。还包括生成合成数据的来源和预期结果。

要轻松运行测试，请使用提供的macro。说明： 1.第一次运行前准备好.ijm宏文件 1. Open SyntheticDataTest.ijm 2. Change the paths on line 2 and 3 to ones that match your computer, e.g.: line 2: sourceDir = C:/your/path/to/synthetic/images/. line 3: visualDir = C:/your/path/to/visual/results/. Remember the trailing “/” characters. N.B. The paths need to exist prior to executing the macro. In addition, windows operating system does not seem to work if the path contains spaces. If you are working with windows and do have spaces in your path, replace the / with \\. 3. Save the .ijm file 2.打开斐济/ImageJ 3.Plugins › pQCT › Export Stratec Header

  1. 找到您的 .ijm 文件
  2. 宏完成后，您应该看到结果表 6.使用Excel或Open Office或其他合适的程序打开生成的文件，结果应与上面提供的综合数据中的结果相符。

BoneJ 和 pQCT

BoneJ 和 pQCT 是分开的。如果您按照上述方式从更新站点安装 pQCT，则不需要 BoneJ。前面仍然包含在 Bonj.org 上提供的 JAR 中，但它们将完全独立。同时，请不要同时从更新站点安装 pQCT 和 BoneJ JAR。

引文

如果您在工作中使用此程序或Stratec pQCT文件格式阅读器，请引用相关论文。

  1. Rantalainen T、Nikander R、Heinonen A、Daly RM、Sievanen H，区域臭氧密度分析的开源方法，J. Musculoskelet. Neuronal Interact, 2011 Sep 11(3), 243-8。
  2. Rantalainen T、Nikander R、Heinonen A、Cervinka T、Sievanen H、Daly RM，运动对年轻女运动员肩骨干骨髓密度的不同影响，J. Clin。外部。求助物。

##致谢

Stratec Medizintechnik GmbH（普福尔茨海姆，德国）提供其 XCT pQCT 设备中使用的文件规范和安排文件。