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光子成像
关于这个项目
作者：Lonneke Scheffer 和 Wout van Helvoirt
版本：1.0
ImageJ 的这个插件能够通过定位每个光子的中心点来处理单个光子事件数据，并一个组合的灰度图像创建，其中每个像素的所有找到的光子都映射到正确的像素值。
该项目可以通过 https://github.com/penuts7644/PhotonImaging. 在 GitHub 上找到
设置
该插件至少需要 Java 8 才能运行。确保您的 Windows/Mac/Linux 设备上安装了 ImageJ，并且 ImageJ 使用 Java 8。源代码已在 IntelliJ IDEA 2016 中编写，项目使用 Maven 进行包管理和构建。
如何安装
有两种安装插件的方法。对于克隆该插件并通过 maven 构建 jar 文件的开发人员，您可以通过 Update… › Manage update sites 在 ImageJ 中安装该插件。用户通过Plugins › Install PlugIn…启用更新站点项目“PhotonImaging”。这将提示您在接下来的 ImageJ 搜索更新时下载该插件。
安装插件后，重新启动ImageJ。正确安装后，您现在将可以使用Plugins › Photon Image Processor。如果您添加了更新站点，您将在插件发布时自动收到更新。
如何使用这个插件
打开 TIFF 文件
该选项可用于以虚拟堆栈的形式打开其目录下面的目录中的所有 TIFF 文件。打开的虚拟堆栈可以使用“处理光子图像”的输入。
处理光子图像
该选项可用于处理大量单光子事件数据（包含单光子事件的图像），并创建一个高分辨率的输出图像。该输出图像可以选择通过“阈值光子事件”和/或“重建图像”来改进。有3种不同的方法可供选择来图像计算中光斑的精确中点坐标。可用的计算模式有：
简单使用找到最亮的像素作为输出的图像的坐标。
准确 通过检查最亮像素周围的像素来计算更准确的中点，从而改进了“简单”。
亚像素分辨率 使用准确的方法来计算中心点，但会创建更高分辨率的图像输出（高度* 2和宽度* 2）。这需要更多图像的输入图像和这些输入中更大的光斑才能成功工作。
阈值光子计数
该选项可用于过滤“处理光子图像”创建的输出图像中的噪声，并可选择为“重建图像”做准备。低于阈值的所有像素都设置为0，其余像素缩放为新值。
图像重建
此选项可用于重建“处理光子图像”创建的输出图像。使用 P. A. Morris 等人的文章“使用微小光子进行成像”的算法重建输入图像。
图像原始模糊并进行了随机更改。执行检查以测试随机更改是否改善了图像。此检查包括测试新图像的对数相似性以及新图像的稀疏性。如果几乎没有什么可能可以改善图像，改变随机像素的方法会被改变，修改因此稀疏不那么极端并且图像被指定。参数解释及使用：
用于记录数据的每个像素的暗计数率。
则化因子表示对数似然性和图像稀疏性相互比较的重要性。正则化因子，图像稀疏性的重要性越大，正则化因子越低，对数似然性越重要。
修改阈值是改善图像的修改百分比的下限。换句话说，算法进行到什么程度。其中的百分比使得算法更早退出，整理输出图像的图表的降低。百分比越低，输出最终看起来就像输入图像。
乘以图像颜色用于更改输入图像颜色的缩放值，例如当输入图像太暗而无法响应时。
高斯模糊滤镜的模糊半径。增大的模糊半径会从原始图像中删除更多细节，但同时缩小像素之间的更多间隙。
