“托尔斯滕瓦格纳”

Thorsten Wagner

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文件	ParticleSizer_.jar [1 ]
来源	Github [2 ]

目的

ParticleSizer脚本旨在自动测量纳米材料的特征尺寸和形状属性的分布。实施委员会对纳米材料定义的范围内，颗粒材料的初级颗粒的最小外部图像尺寸被评估为电子显微镜中的最小费雷特直径。同时测量其他尺寸和形状参数。

安装

ParticleSizer 脚本结合了许多不同的插件。最简单的方法（也是目前唯一的方法）是follow Biomedgroup & ParticleSizer update site。

建议安装 R 以获得更好的绘图。当跳过这一点时，将显示专业图：

您现在可以通过插件启动 ParticleSizer › NanoDefine - › ParticleSizer

1.下载最新的R 3.6版本：https://cran.r-project.org/bin/windows/base/old/3.6.3/ 1. Download the Rserver package: https://ftp.gwdg.de/pub/misc/cran/bin/windows/contrib/3.6/Rserve_1.7-3.1.zip 2. Download the MASS package: https://ftp.gwdg.de/pub/misc/cran/bin/windows/contrib/3.6/MASS_7.3-54.zip 3. Start R and select the packages downloaded in 1. and 2. via Plugins › NanoDefine - › ParticleSizer 2.打开Fiji，启动ParticleSizer设置管理器放置字段Set R install directory设置为R安装目录。

您现在可以通过 Start Packages › Install packages from local zip files 启动 ParticleSizer

设置

解读： Psizer gui

圆形窗口半径：这是局部阈值技术的参数。ParticleSizer 不使用全局阈值对图像进行二值化。相反，它使用局部阈值，该阈值针对配置半径的圆形特定区域进行估计。
滚动球半径：通过图像表面（强度解释为高度）滚动具有此半径的球来突出背景。它至少应与图像中不属于背景的最大物体一样大。 OTB强度差：遗忘和背景图像中的物体与背景（OTB）强度差低于此阈值的物体被视为伪影并被删除。
对不规则结构使用分水岭：如果选择，则使用不规则结构的模式。
再次不规则分水岭凸度阈值：该阈值确定时分割聚合被算作“初级消费”。如果助词的凸度大于该阈值，则停止该对象的分割。如果凸度小于该值，则 ParticleSizer 会尝试分割策略
使用单粒子模式：如果选择，则使用单粒子模式。
使用平凡平凡模式：如果选择，则使用平凡平凡模式。

形状限制：