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NoiSee 是一款易于使用的 ImageJ 宏套件，用于测量共焦显微镜的 SNR（信噪比）。
安装
Enable the NoiSee update site并重启斐济。
方便
NoiSee 由两个独立的宏组成，一个用于端点类型的分析：
- 珠子方法，用于延迟采集荧光珠子。注意：此方法不用于低分辨率珠子！在采集的图像中，珠子的直径应至少为十像素。
- 荧光素方法，用于采集荧光溶液和暗场（即“激光关闭”）图像，均为单帧（无 Z 堆栈，无延时）。
珠法
在快速搜索栏输入“选择NoiSee”，“Bead Analysis”并单击“运行”。另外，您也可以在Plugins › NoiSee菜单中找到NoiSee 宏。
首先，将出现参数对话框，其中包含以下输入字段/选项：
- 在图像字段中指定延迟珠子图像的路径。
- The input file format has to be readable by Bio-Formats.
- Data is expected to be 2D+t, with the focus (Z-plane) set to the center of the beads. If unsure, check our provided beads sample data to see how to adjust your acquisition accordingly.
- All result files generated by NoiSee will be placed in a new sub-folder located in the same directory as the input image.
- 珠子的估计直径必须以像素为单位指定。NoiSee 使用“Find Maxima”功能自动检测需要粗略估计的特定强度阈值的珠子。该估计的初始值取决于所使用的检测器类型，例如 PMT 为 50，光子模式计数下的混合剂量为 10。
- If not all beads are identified the estimate should be lower.
- If peaks other than beads are identified the estimate should be higher.
- 注意：虽然NoiSee尝试排除热像素和过度曝光的珠子，但理想情况下在推理过程中已经避免了这些。
- 选择是否要创建 kymographs。我们建议这样做，因为它们是为了检查图片和漂白很有用。
- NoiSee 可以进一步将附加数据（每个珠子的单独测量值）保存为txt文件。
- NoiSee 创建选择的所有图像和绘图都可以保存在 PDF 报告中。
- 用于测量的ROI可以从ROI管理器获得，并且还可以可视化为额外的图像。
- 按“确定”并等待NoiSee完成计算。
- 所有NoiSee结果的摘要会自动保存为txt文件。
润色素法
如上启动NoiSee，但选择“荧光素分析”方法。
参数对话框将显示以下输入字段/选项：
- 指定暗图像和荧光素图像的路径。
- All result files generated by NoiSee will be placed in a new sub-folder located in the same directory as the input image.
- 同样，NoiSee 创建的所有图像和绘图都可以选择保存在 PDF 报告中。
- 点击“确定”并等待NoiSee完成计算，如下面的屏幕截图所示。
例子
我们提供了第 sample data 部分的演示宏的用法，并让您了解输入数据应该如何进行。
珠子方法示例结果
- Fluorescent Beads Sample Image (1.3 Mb)
对上述示例运行数据珠子宏将给出以下结果：
朗读素方法示例结果
- Fluorescein Sample Image (300 Kb)
- Dark Field Sample Image (55 Kb)
对上述示例运行数据词典宏将给出以下结果：
引文
请注意，NoiSee 基于书籍。如果您将其用于相关研究，请引用我们的工作：
Alexia Ferrand、Kai D Schleicher、Nikolaus Ehrenfeuchter、Wolf Heusermann、Oliver Biehlmaier：信噪比变得简单：评估共焦性能的工具 bioRxiv 291500。
