实验室套件文档
接口
Labkit的界面分为多个面板：
- 图像：在此面板中，用户可以打开/关闭查看器中的图像，以及自动对比当前切片
- 标签：标签面板列出了所有标签层，每个标签层都可以显示/隐藏、导出、更改颜色……
- 分割：此面板允许训练分类器以基于标签进行自动分割
- 工具：工具栏显示在查看器上方，让用户可以访问绘图工具，以便与标签层进行交互
- 查看器：图像显示在 BigDataViewer 内，并作为标签参考
浏览图片
Labkit 使用 BigDataViewer 查看图像。导航的工作方式与 BigDataViewer 中相同，包括大多数快捷方式 (see here)。以下是一些有用的示例：
Right Drag放大和缩小- ⌃ Ctrl + ⇧ Shift +
Mouse Wheel移动图片 - Mouse Wheel旋转3D图像
Left Drag滚动浏览3D图像的z切片
绘图工具
查看器上方的工具栏允许与标签层进行交互。它包含以下工具：
- 移动：旋转图像
- 不平等：在当前选定的标签层上不平等，铅笔工具的粗细可以使用相应的预设设置
- 洪水填充：填充当前选定标签图层中的整个连接区域
- 标签：从当前选定的标签层中标签像素
- 删除显示：从当前选定的标签层中删除整个连接的组件
- 选择标签：选择对应的标签层
- 允许重叠标签：如果选中，可以在多个标签层中标记像素
- 画笔大小：仅适用于光照强度和宽度，设置铅笔工具的大小
使用可以快捷方式快速访问各种工具：
- E + Left Click使用铅笔工具进行较差。
- D + Left Click使用铅笔工具。
- R + Left Click使用洪水填充工具。
- F + Left Click删除连接的组件。
- N - 切换到下一个标签
标签
所有标签层都可以全局隐藏/显示（右上角的眼睛图标），也可以单独隐藏/显示（与每个层对应的眼睛图标）。它们也可以通过单击“全部删除”（右下角）来完全删除。
要添加新图层，只需单击“添加标签”（右下角）。对于每个图层，用户可以更改名称和颜色。要更改名称，请双击当前名称以打开对话框。单击颜色标志即可更改颜色。目标按钮将视图移动到图层中标记像素数量最多的切片。最后，向下箭头（相当于右键单击）可以访问其他选项，包括将标签保存为 *.tif 文件或将图层导出到 ImageJ。
Labeling菜单（Labkit窗口顶部）提供了更多选项：
-打开标签：打开.labeling文件替换当前标签
- 保存标签：将当前标签图层保存为
.labeling文件 - 在 ImageJ 中显示标签：将所有标签层导出到 ImageJ
- 导入标签：将
.labeling文件中包含的图层添加到当前图层列表 - 导入位置图：将保存为“.tif”文件的图层添加到当前图层列表
- 将选定的标签导出为位图：将选定的图层导出为
.tiff文件
解读
在Segmentation面板中，您可以添加像素分类器，修改设置，运行以学习分割并导出其结果。
###像素分类设置 通过单击滚轮，您可以打开特定分类器的像素分类设置。将打开一个窗口，您可以在其中设置自定义过滤器来调整分类器和分割结果。 过滤器是一种可以提取图像以提取特征的操作。反过来，这些特征将用于学习分割。可以通过单击运行按钮来执行分段。结果与图像重叠。
有关为分段任务选择过滤器的建议，请参阅第 guidelines。
基本过滤器
在大多数情况下，基本过滤器是您唯一需要的过滤器。除了 original image 之外，过滤器针对 sigma 列表中的每个 sigma 运行。
- 原始图像
- 高斯模糊（对于每个西格玛）：对于列表中的每个西格玛，图像使用相应标准差的高斯进行高斯模糊。
- 高斯差异（对于每个西格玛）：
- 高斯梯度幅度（对于每个西格玛）：
- 高斯拉普拉斯算子（对于每个西格玛）：
- Hessian 特征值（对于每个 sigma）：
- 结构张量特征值（对于每个西格玛）：
- 小型过滤器（适用于每个西格玛）：
- 最大过滤器（对于每个西格玛）：
- 溶剂（对于每个西格玛）：
- 多孔过滤器（适用于每个西格玛）：
####可定制的过滤器
可定制过滤器是用户可以选择参数的过滤器。
- 高斯积分
- 高斯模糊
- Hessian 特征值
- 高斯梯度幅值 ——高斯拉普拉斯算子
- 最小过滤器
- 最大的过滤器
- 随
- 结构张量特征值
- 通风过滤器
已废弃的过滤器
这里已废弃的过滤器是为了确保训练与使用旧版本Labkit的分类器完全兼容。我们建议仅使用基本和可定制的过滤器。
导入和导出
分段菜单和分类器旁边的小箭头允许用户导入/导出各种对象：
- 使用
Open Classifier...或Save Classifier...导入/导出分类器 - 将分割结果保存为
.tif或.h5 - 在 ImageJ 中显示分割
- 从分段类创建标签层
