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KymoResliceWide

info

文件

KymoResliceWide_.jar

来源

github


该插件使用直线、折线或徒手选择可变厚度(并使用整条线的平均或最大强度)构建kymographs,也适用于 Hyper-/RGB 堆栈。所以它是 ImageJ 的 Reslice 功能的扩展实现。以下是关于“Why another kymograph plugin?”的一些想法。

使用插件

要在 ImageJ 中分析的堆栈/电影。沿着要打开 kymograph 的区域画一条线。
您可以使用ImageJ的本机 嵌入 直线/圆形特征,例如:

线型

插件会自动从 ImageJ 中选择您选择的行并修正其长度。
只需使用您需要的即可。

External image

线宽

左右ImageJ中的线选择工具定义线的宽度

External image

参数

随后将弹出显示 kymograph 参数的窗口:

External image

以下选项可用(按顺序):

-是否取垂直于线的平均强度或最大强度; -(未勾选)时间为y轴,距离为x轴,(勾选)时间为x轴,距离为y轴; -(选中)矩形将被添加并显示在原始电影/堆栈的中央层中,以标记已分析的区域;

  • 忽略原始图像/堆栈安排,即不要将其安排添加到最终的kymograph图像(宽度、高度、涡流大小和帧速率)

其他 kymograph 插件

作为替代方案,有完善文档的Multi Kymograph插件及其更新版本Kymograph tool

版本历史

版本 0.5 (2017/04/01):修复了超堆栈重新切片(现在是时间,而不是 Z)并且改进了图像校准处理(可以选择忽略它)。

版本 0.4 (2015/10/21):现在它可以处理超堆栈和 RGB 图像。