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| 文件 |
FRC_-1.0.2.jar |
| 来源 |
更新
2018 年 1 月
该插件已移动到新位置，以帮助对我们的插件进行排序。
2018 年 7 月
根据 Alex Herbert 和 Miguel Lermo 提供的信息，我们已着手纠正以下错误
- FRC_Plugin被添加到包ch.epfl.biop.frc中（而不是没有包）
- POM 已更新为使用最新的 pom-scijava 版本
- 现在通过检查图像大小可以正确计算火灾数
- 通过根据需要添加一个像素的填充来确保图像是 2 的倍数 5.角度转换为弧度，保证更好的径向采样
这些错误出现在我们为该插件改编的第一个 FRC 代码中，并且最近引起了我们的注意。如果您的图像不是 2 的幂，请检查 FIRE 数字的值，因为它可能与以前版本的代码不正确。
如果您使用 FRC 来比较不同的图像或条件，并且您的图像大小没有改变，则相对差异仍然完全有效，但绝对值可能会偏离。
2019 年 6 月
格拉斯哥斯特拉斯克莱德大学的布莱恩·巴顿 (Brian Patton) 的评论说分子的原始计算是错误的，即： code|numerator[i] = dataA1[i] * dataA2[i] + dataB1[i] * dataB2[i]; 应该改为： abs((FFT(Image1)*Complex_Conj(FFT(Image2)))
目的
利用 Alex Herbert 的傅里叶环相关实现，该实现本身改编自作为论文 Niewenhuizen 等人 (2013) 的一部分制作的 FIRE（傅里叶图像解析）插件。测量光学纳米显微镜中的图像分辨率。自然方法，10, 557 [^1]
详细信息
阈值方法
目前实现的阈值方法有3种
- 固定 1/7：查找 FRC 曲线达到相关值 1/7 时的 FIRE 数。
- 半位：阈值方法，其中阈值曲线与 FRC 的交点定义了每个像素有 1/2 位信息的点。
- 三西格玛：FRC 曲线与此阈值的交点定义了 FRC 开始主要代表高频噪声的值。
请参阅出版物 van Hell 和 Schatz，傅立叶壳相关阈值标准，Journal of Structural Biology 151，2005[^2]，了解有关这些标准计算的更多信息。
图像校准
我们建议您使用校准图像，以便您的结果直接采用校准单位（微米、毫米等）。该插件将始终将未校准值和校准值作为单独的列返回。
安装
该插件可从 PTBIOP Update Site 获取，这将其放置在 Fiji/ImageJ 插件目录中的“BIOP”文件夹中
使用
直接使用
Plugin Dialog choices Standard Use
使用Plugins › BIOP › Image Analysis › FRC › FRC Calculation…调用插件。
您需要打开两个图像才能执行 FRC。
批处理模式
Plugin Dialog choices in Batch mode
Plugins › BIOP › Image Analysis › FRC › FRC Calculation (Batch)…下还有一个批量选项
该对话框需要两个文件夹。该插件将打开一个文件夹，并对第二个文件夹中具有相同名称的图像的每个图像执行 FRC。
结果
该插件将 FIRE（傅里叶图像解析）数写入结果表中，该结果表在使用插件时附加。列名称反映了图像的校准和所选的阈值方法。
Results Table example from FRC Calculation
情节
该插件可以显示 FRC 曲线图以及该曲线的 LOESS 平滑版本。最后，它显示所使用的阈值方法以及 FRC 与阈值的交集，从而提供 FIRE 数。 X 维度位于频域中，代表像素-1
FRC Curve example using 1/7 Threshold condition
在批处理的情况下，如果选中保存图，则插件会在父目录中创建一个名为“Graphs”的新文件夹，并使用图像名称和阈值方法保存过采样图。
可录制宏
利用 GenericDialog 类，该插件可以进行宏录制。下面显示了一个示例
run("FRC Calculation...", "image_1=[first_image.tif] image_2=[second_image.tif] resolution=[Fixed 1/7] display");
//Example with batch
run("FRC Calculation (Batch)...", "first=[D:\\FRC Tests\\A] second=[D:\\FRC Tests\\B] resolution=[Fixed 1/7] save");
从插件运行
如果您想在自己的插件中使用 FRC 类，如果您已经在使用 Alex Herbert 的优秀 SMLM 插件，则可以使用 GitHub 上的 FRC 类。否则，您可以通过以下导入来使用此处重新调整用途的版本
import ch.epfl.biop.frc.FRC;
然后使用FRC类
FRC frc = new FRC();
// Get FIRE Number, assumes you have access to the two image processors.
double fire = frc.calculateFireNumber(ip1, ip2, FRC.FIXED_1_OVER_7);
还有其他方法可以获取 FRC 曲线，请参阅FRC.java file，该方法有很好的文档记录。
