寻找峰值

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来源	on GitHub
类别	Analysis, Scripting

BAR脚本（用BeanShell编写），用于从ImageJ搜索局部顶部和中间。安装Find Peaks最的方法是通过subscribing到BAR update site。

选项<div class="thumbnail" >

<a href="/media/plugins/findpeakssnapshot.png" data-lightbox="image-findpeakssnapshot-png">
    <span class="thumbnail-group"><img alt="分析来自.csv文件的合成数据。CSV文件可以通过拖放或使用<span class="bc"><span>Analyze</span> › <span>Set Measurements...</span></span>导入到ImageJ中。一旦指定了[options](#options)，搜索到的峰的坐标就会记录到新绘图窗口的表格中。" src="/media/plugins/findpeakssnapshot.png" width="380" /></span>
</a>
<span markdown="1">分析来自.csv文件的合成数据。CSV文件可以通过拖放或使用<span class="bc"><span>Analyze</span> › <span>Set Measurements...</span></span>导入到ImageJ中。一旦指定了[options](#options)，搜索到的峰的坐标就会记录到新绘图窗口的表格中。</span>

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最高幅度
合格谷必须超过的最小深度（以Y轴单位表示）。默认情况下，它设置为数据的一个标准差。分钟。最大值
合格最大值必须超过的最小值（以 Y 轴单位表示）。当设置为 NaN（非数字）时，此过滤器被禁用。最大限度。最小值的值
合格最小值不得超过最高值（以 Y 轴单位表示）。当设置为 NaN（非数字）时，此过滤器被禁用。分钟。峰值距离
峰之间的最小间隔（以 X 轴单位）。当该值不为零（默认值）时，指定附近范围内的较小峰值将被忽略。其工作原理如下： 1) 满足所有上述标准的已识别峰值按降序排列（从最大到最小振幅）； 2) 从最大峰值开始，脚本会忽略间隔不超过指定 Min 的所有剩余峰值。峰值距离。适用于最大值和最小值。排除图边缘的峰值
如果处于活动状态，则仅当峰被两个合格的谷分开时才被接受。如果禁用（默认设置），还会考虑数据范围限制处的峰值（即两侧仅一个谷值）。列出值
如果处于活动状态，将显示绘图表（作为最前面的窗口），允许在从其他宏或脚本调用 Find Peaks 时以编程方式保存值。示例：

// From an ImageJ macro
run("Find Peaks", "min._peak_amplitude=35 min._peak_distance=0 min._value=NaN max._value=NaN list");
saveAs("Results", "/Path/to/Output/Directory/Plot Values.csv");
run("Close");

// From a script
IJ.run("Find Peaks", "min._peak_amplitude=35 min._peak_distance=0 min._value=NaN max._value=NaN list");
IJ.saveAs("Results", "/Path/to/Output/Directory/Plot Values.csv");
WindowManager.getActiveWindow().close() ## 注释

顶部和最小均按降序排列，从最大到最小幅度
在其中心搜索具有平顶的峰
根据以下布局记录最高坐标：[X0,Y0]：原始数据；[X1,Y1]：顶点；[X2,Y2]：简单
最小。峰距可用于峰宽过滤
在File › Import › Results中使用科学计数法和小数位来改进特殊或太小而无法以小数形式显示值的表示
最初查找高峰虽然是作为 Sholl Analysis 的complementary tool，但它可以查找任何数据集。因此，它现在是 BAR 的部分

安装

安装 Find Peaks 最简单的方法是通过 subscribing to the BAR update site。

许可证

该是免费软件；您可以根据第 §§16§§§ 发布的 GNU 通用公共许可证程序条款重新分发和/或修改它。分发此程序的目的是希望它有用，但不提供任何保证；甚至没有适用的销性或特定用途适用的默示保证。有关更多信息，请参阅 GNU 通用公共许可证。

ImageJ 文档

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