快速地

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F 荧光图像 AnalysiS Tool：快速

描述

该ImageJ宏自动执行任务（打开、设置阈值、保存感兴趣区域、测量）来处理一组单通道荧光图像。

安装

下载 ImageJ/ImageJ2 的 Fiji 发行版。
使用ImageJ Updater至follow快速更新站点。
新命令出现在 Plugins › FAST 菜单中。

图像处理

[ Fast processing ] (https://imagej.net/media/plugins/fast-processing.png)

第 1 步：自动处理所选工作目录中的图像

首选目录和子目录中包含用户定义扩展名的所有文件（例如czi - zvi - tif - nd2）。 2.应用用户定义的阈值（默认为290），然后分析阈值的像素。
将一个阈值的像素包放到一个感兴趣的区域中，将该ROI保存在图像目录中的zip文件中。

###第2步：用户确认选定的感兴趣区域并进行测量

1.选择一张打开图像，自动检查投资回报率。

用户可以确认投资回报率、直接修改它或从进一步分析中删除图像。
测量所选ROI中的荧光剂。

启动选项

Fast options The macro displays a dialog box to set analysis options: 文件类型：在 CZI（卡尔蔡司图像）、ZVI（蔡司视觉图像）、ND2（尼康）或 TIFF（标记图像文件格式）之间选择图像类型。
“其他”允许输入特定的文件扩展名。
阈值：设置像素强度的阈值，将图像分割为感兴趣的特征（高于阈值）和背景。

💡

Threshold value must be defined for each acquisition system (microscope + camera + exposure time + file-type).

创建ROI：第1步，分析用户定义的阈值的像素，并自动将感兴趣的区域zip文件保存在图像目录中。
测量ROI：图像分析的第2步，单独检查并测量先前创建的ROI。（在取消选中步骤1并选中步骤2的情况下，用户可以重新分析以前的数据）。
覆盖现有 ROI：如果选择，宏将覆盖 ROI zip 文件，而不会每次都提示用户。
静默模式：如果选择，宏将测量所有图像的ROI，而每次都会提示用户。对于重新分析以前的数据很有用。
重新启动模式：当自动处理意外取消时，此模式会检查最后创建的 ROI 并从此时重新启动分析。

选定感兴趣区域的验证

User validation of defined ROI After completion of Step 1 of image processing, images and their corresponding ROIs need to be validated by the user. 每个图像和相应的 ROI 都会自动打开。将显示一个选项对话框。

如果区域正确，用户必须单击Yes继续处理下一张图像。
如果该区域包含非特定信号，请选择OK手动重新定义区域并编辑ROI。
该对话框允许从分析中排除当前图像（例如模糊图像）。

点击所需的单选按钮选项，然后单击OK或⌥ Alt即可继续。 Dialog box to redefine area If you selected to redefine area manually, a new dialog box is displayed to get access to the ImageJ toolbar and modify the selection. The user-defined threshold is then automatically applied.