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目的
该插件只是 ImageJ 版本 1.42l 中 Reslice 命令的动态版本，由 Patrick Kelly、Harvey Karten、Wayne Rasband、Julian Cooper 和 Adrian Deerr 编写。它沿着 ROI 所应用的堆栈所表示的体积相当于一个水平切片，并在 ROI 移位或变形时动态更新该切片。
安装
图像J
下载 jar 文件 Dynamic_Reslice.jar 将其放入 * 插件* 菜单中。该插件将出现在Image › Stacks菜单中。
斐济
该插件是 Fiji 发行版的一部分，作为 Fiji_Plugins 包的成员。您可以在Plugins › Dynamic_Reslice菜单中找到它。
满足
您打开一个堆栈并在其上一条线roi（任何线roi都可以：直线、折线、手指线）。当您调用插件时，系统会要求提供两个参数。
- 垂直翻转将导致源切片从下到上处理。
- 旋转显示90°结果旋转90°。
重新重新切片窗口。现在更改 roi 形状或用鼠标移动它。结果窗口自动刷新。可以动态更改 roi 类型。
脚本编写
可以从其他插件或脚本调用和控制该插件。以下是与 Fiji 一起使用的脚本示例。
'''
This jython script intends at demonstrating how to script the
Dynamic_Reslice plugin. It will open the t1-head sample stack
in Fiji, draw a ROI on it, and animate it while updating the
Reslice image.
Created on Apr 23, 2009
@author: Jean-Yves Tinevez
'''
import fiji
import time
xstart = 40
ystart = 50
# Fetch the t1-head stack from URL
source_imp = IJ.openImage('/ij/images/t1-head.zip')
source_imp.show()
# Select middle slice (does not matter)
source_imp.setSlice(60)
# Instantiate the Dynamic_Reslice plugin
dr = fiji.stacks.Dynamic_Reslice(source_imp)
# Set up the plugin so that it will rotate the resulting image, and will
# parse slices from bottom to top
dr.setRotate(True)
dr.setFlip(True)
# Get the destination ImagePlus
dest_imp = dr.getImagePlus()
# Now move the roi and update the image
for dx in range(170):
IJ.showStatus('Moving the Roi by '+str(dx))
# Draw a line ROI on the source imp
roi = Line(xstart+dx, ystart, xstart+dx, ystart+170)
source_imp.setRoi(roi)
# Update the reslice. We have to call it manually in the script.
dr.update();
# Wait a bit so that we can see what is happening
time.sleep(0.03)
IJ.showStatus('Done')
示例
版本历史
- 1.0 - 2009年4月22日 - 第一个工作版本。
- 1.1 - 2009 年 4 月 22 日 - Albert Cardona 添加了单独的更新线程
- 1.2 - 2009年4月23日 -
- Window size automatically changes when Roi length changes
- Can now be called and managed from scripts
- Major refactoring
许可证：GPL
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