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距离分析 (DiAna)
该插件允许：
- 计算3D对象之间的共定位
- 测量最近物体之间的3D距离，无论是否共定位
- 创建一个图表，比较实验和随机对象位置之间的最近距离
- 获取每个物体的一些 3D 测量值
该插件可以与标记图像一起使用，但它还集成了用于对象分割的工具。
作者
Jean-François Gilles，巴黎塞纳河生物研究所（法国）。 jean-francois.gilles (at) upmc.fr
Thomas Boudier 
、CENTURI，法国艾克斯-马赛大学。
##特点
** 颈部**
- 均值、中值、高斯模糊过滤
对象分割
- 全局阈值
-
3D 分割（迭代阈值、点分割等） 基于对象的共定位和距离分析
- 图像 A、B 和/或 A+B 中对象的共定位
- 距离中心-中心；
- 中心-边缘距离；
- 边缘-中心距离；
- 接触面
- 生成结果表示，例如：
- Objects’ map ;
- Colocalization object’s map ; 对物体进行计数和测量
计算两个堆栈中3D对象的数量。
针对每个找到的对象量化以下参数：
- 音量
- 层次值的干系
- 中间
- 灰度值的标准偏差
- 最小和最大阈值
- 质心
- 质心
- 费雷特直径
说明
注意，当鼠标箭头经过插件的项目时，会给出每个参数的解释
打开至少两张图像。该插件不支持 RGB 和 32 位图像。
###要分析的图片
选择图像A和图像B。图像A是参考图像。
二值图像：
应用值为 1 的阈值
可以按大小过滤对象并从图像边缘删除对象
图像灰度：
应用滤波器抑制噪声（任选）
使用阈值或点分割方法分割图像
- 阈值方法：
选择阈值
可以按大小过滤对象并从图像边缘删除对象
- 点分割方法：找到此方法的教程here
- 迭代分割方法：找到此方法的教程here
- 可以按大小的过滤对象
###交互过滤器
当取消选中“所有对象接触”时，除了共同本地化对象之外，插件默认分析非共同本地化对象。
测量与分析
共定位
选择将要测量的共定位对象的参数
距离
选择将针对非共定位对象测量的参数
随机播放
选择对所有图像上或蒙版内的对象进行随机播放
其他措施
选择要为每个对象测量的参数
分辨率信息 必须提供图像排列调整测量结果。如果打开的已经排列图像，则插件会排列排列（否则它会要求您插入值）。
插件搜索：
- Image A 和 B 中的对象列在 ROI 管理器中。
- 对象数量和共定位对象数量在日志中给出。
- ColocResults 给出了共同定位目标的测量结果。
- DistanceResults 提供非共定位对象的测量结果。
- 洗牌长（累积距离）
- OtherMeasures 每个结果-A/B 给出图像 A 和 B 中对象的测量值。
批次：
如果录音机有问题，以下是宏行的一些例子：
- 运行（“DiAna_Segment”，“img=imageName.tif过滤器=中值rad=1.0 thr=739-3-2000-true-false”）；
- 运行（“DiAna_Segment”，“img=C0.tif Peaks=2.0-2.0-50.0个点=30-10-1.5-3-2000-true”）；
- 运行(“DiAna_Segment”, “img=C0.tif iter=3-2000-20-30-true”);
- run(“DiAna_Analyse”, “img1=imageA.tif img2=imageB.tif lab1=segA.tif lab2=segB.tif coloc distc=50.0 adja kclosest=1 dista=50.0 测量”);
要计算最近的边界，请在最近的对象数量后使用“b”：… adja kclosest=1b
安装
-
在 ImageJ 1.x 中： 1.下载以下jar并将其复制到您的插件文件夹中Diana_1.54.jar 2.您还必须手动下载3D ImageJ Suite并将其复制到您的插件目录中。
-
在斐济， add将距离分析站点添加到您的更新站点列表中：
- Select Help › Update… from the menu to start the updater.
- Click on Manage update sites.
- Activate the DistanceAnalysis update site and close the dialog.
- Click Apply changes and restart ImageJ.
引文
Gilles J-F、Dos Santos M、Boudier T、Bolte S、Heck N. DiAna，一种用于基于对象的 3D 共定位和距离分析的 ImageJ 工具。方法 2016 年 11 月 24 日。1
点分割方法基于：Heck N、Dos Santos M、Amairi B、Salery M、Besnard A、Herzog E、Boudier T、Vanhoutte P、Caboche J。一种新的突触接触自动3D检测揭示了中间可卡因治疗后表皮状体突触的形成。脑结构功能。2014年7月8日。DOI 10.1007/s00429-014-0837-2。 2
许可证
GPL 分发（参见3）。插件的来源是免费提供的。
更改日志
- 2016/12/14 v1.0.1：修复了搜索推理的错误，添加“关于”按钮
- 2016/12/16 v1.1：添加保存3D-ROIs按钮
- 05/09/2017 v1.2：代码中的许多改进。在分析中初始化图像时更新的可能性。标签部分的宏启用
- 2018/01/25 v1.3：修复8位错误，添加宏功能
- 05/07/2018 v1.4：修复了错误
- 2018年12月19日 v1.41：修复了错误
- 21/12/2018 v1.42：再次在日志中显示信息
- 17/01/2019 v1.43：正确的用户界面和2D图像的错误，感谢Chin-Chun
- 2019年5月14日v1.44：修复了错误并与3D Suite最新版本兼容。
- 29/10/2019 v1.45：错误修复和maven更新。感谢N. Chiaruttini
- 24/01/2020 v1.46：修复bug，批量添加coloc镜像
- 24/02/2020 v1.47：修复了宏行中随机播放的错误
- 2020年4月28日 v1.48：添加集成密度测量
- 02/02/2022 v1.49：修复了错误，添加了一些小选项
- 09/01/2023 v1.50：修复了错误
- 23/06/2023 v1.51：修复宏错误
- 12/07/2023 v1.52：修复宏错误并增强GUI检查
- 01/10/2024 v1.53：启用最近的亲密
- 28/03/2025 v1.54：修复了 SpotSegmentation 错误，现在允许 32 位图像
