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重建是一个用于重建全息图并执行数值传播的插件，重点关注DHM生成的全息图。该插件具有高度可扩展性，任何人都可以在其中添加新的插件，以便在重建管道中的任何点执行他们想要的任何过程。默认情况下，它支持谱角传播以及噪声各种消除技术，例如参考全息图和重建式算法。
概述
要运行该命令，请运行 Plugins › DHM › Reconstruction Options。运行该命令时，将弹出一个对话框，询问所有启用的插件的参数。始终存在的参数如下：
-息全图：要重建的全息图堆栈。该插件能够随着时间的推移重建一批图像。
- 波长：用于获取全息图的光的波长。
- 图像宽度：全息图的宽度，以实际单位表示。
- 图像高度：全息图的高度，以实际单位表示。
- t 切片选择：从原始图堆栈重建的时间切片。有关真菌选择如何发挥作用的更多信息，请参阅下文。
- Z 平面选择：要传播到的z 平面。有关大众选择如何发挥作用的更多信息，请参见下文。
完成对话框后，该命令将执行以下算法：
- 从原始全息语音中，获取要使用的全息图傅里叶变换上的滤波器。
- 对于每个选定的时间片，执行操作如下：
- Filter the hologram
- For each z plane selected, do the following:
- Propagate the field 插件可以在此过程中的任何时候插入自己的操作。例如，Reference Hologram插件在过滤每个时间片后去除噪声，而Result插件在传播场后得到最终结果。
您可以使用 ReconstructionOp 在代码中自行运行整个过程。有关如何使用它的更多详细信息，请参阅文档。
t 切片选择
t 切片选择设置要重建全息图堆栈的哪些帧。如果您选择的全息图只有一个时间片，则不会显示。选择 t 切片的不同选项如下：
- 单帧：仅从全息图堆栈中重建单帧。
- 当前帧：仅从全息图堆栈中重建当前选定的帧。
- 全部：从全息图堆栈重建所有帧。
- 列表：将任意帧重建为以逗号分隔的时间值列表。
- 范围：在给定起点、终点和步长的情况下，重建 t 个切片的范围。例如，如果起点为 2、终点为 8、步长为 2，则它将重建切片 2、4、6 和 8。
- Continuous Range：与 Range 相同，但步长设置为 1。
Z 平面选择
Z 平面选择设置要传播到的 z 值。选择 z 值的不同选项如下：
- Single：仅传播到单个特定 z 值。
- 列表：以逗号分隔的时间值列表的形式传播到任意 z 值。
- 范围：在给定起点、终点和步长的情况下，传播到 z 平面的范围。例如，如果起点为 -1 μm，终点为 1 μm，步长为 0.5 μm，则它将传播到 -1 μm、-0.5 μm、0 μm、0.5 μm 和 1 μm。
默认插件详细信息
过滤器
过滤器插件获取并在全息图的傅里叶变换上应用过滤器。从命令运行时，它将显示一个带有傅立叶变换的窗口，并要求用户为过滤器选择 ROI。从代码运行命令时，您可以使用您想要的任何 ROI。许多其他插件也使用过滤器插件，以便它们可以使用相同的过滤器。
多项式倾斜校正
多项式倾斜校正插件使用多项式拟合相位来执行倾斜校正，如第 this 论文中所述。该算法的要点是找到应该平坦的水平线和垂直线，然后找到适合这些线的多项式，并从相位中减去这些多项式。当您使用此插件时，在对话框中它会询问要使用的多项式次数。在我们的使用中，我们遇到的唯一问题是由于过滤器选择不当而导致的线性倾斜，但您可以使用任何您想要的。
平线确定是有趣的部分。这可以通过插件进行配置，具有三个默认值：
汽车
自动插件自动确定平坦线。对于每个方向，它最多选取十条线并找到每条线的多项式拟合。然后，它使用最小二乘法来查找最适合其各自直线的多项式，然后选择该直线。它没有额外的参数。
中
Middle 插件使用穿过图像中间的线作为平坦线。它没有额外的参数。
####手册
手动插件允许用户输入自己的行。由于重建图像的边缘总是有点奇怪，因此建议不要使用边缘附近的值。它有几个额外的参数：
- 水平线的像素值：水平线所在的 y 像素值。
- 水平线起点：水平线起点的 x 像素值。
- 水平线结束：水平线结束的 x 像素值。
- 垂直线的像素值：垂直线所在的 x 像素值。
- 垂直线起点：垂直线起点的 y 像素值。
- 垂直线结束：垂直线结束的 y 像素值。
参考全息图
参考全息图插件使用第 this 论文中指定的参考全息图纠正噪声问题。该插件还支持使用参考全息图来处理幅度噪声，如第 this 论文中所述。启用参考全息图后，您可以选择使用它来取消相位和/或幅度。幅度参考全息图似乎仍然存在一些问题，因此请自行决定使用它。此外，对于大多数参考全息图算法，可以选择使用相同的 ROI。选中此框将使参考全息图使用与其他所有内容相同的滤镜。
获取参考全息图的方法可以通过插件进行配置，有几个默认值：
无
不要使用参考全息图。
单张图像
使用单个图像作为参考全息图。
带偏移的单幅图像
一次使用单个图像作为参考全息图，但相对于当前正在重建的时间片来选择它们。将偏移量添加到原始全息图时间片中，结果就是用于参考全息图的时间片。
中位数
使用图像堆栈的中值作为参考全息图。您可以在此处选择某些时间片，如上面的时间参数。
带偏移量的中值
使用图像堆栈的中值作为参考全息图，但选择相对于当前正在重建的时间切片的切片。您可以在此处选择某些时间片，如上面的时间参数。偏移量被添加到原始全息图时间片中，结果被视为用于计算中值的帧 1。
####自我
使用当前全息图本身作为参考全息图。这个想法是使用傅立叶变换的中心来消除大规模问题，同时保持小规模样本完整。因此，这不允许您使用“使用相同的 ROI”选项。
传播
传播插件设置用于传播的数据。因为有不同的传播方法，所以可以通过插件进行配置。目前，唯一默认的传播方法是角谱。
角谱
该插件实际上传播数据。它基于 Opto-Digital 的 Numerical Propagation 插件，但已稍作更改，以便在传播到许多 z 和时间切片时实现更快的计算。
结果
结果插件获取整个命令的结果，并找到一种方法将其显示给用户。它在靠近底部的对话框中添加了四个复选框，以显示您想要的结果场的哪些部分：幅度、相位、实部和虚部。它还添加了一个选项，供您选择是否需要 8 位、16 位或 32 位图像。最后，要真正得到结果，在命令中你可以将其保存到文件中，如果没有，它会直接显示它。如果在程序中运行该命令，您可以将其完成后调用的方法设置为您喜欢的任何内容。
状态
状态插件仅在命令运行期间更新状态栏。
选项
每个插件都有可以在 Plugins › DHM › Reconstruction 命令中更改的选项。在这里可以更改某些值的单位，可以启用/禁用插件，并且插件也可以在此处放置自己的选项。以下是默认插件具有的选项：
传播/角谱
Angular Spectrum 插件可以缓存大量处理以加快处理速度。然而，当执行大量重建时，所使用的内存可能会增加太多。您可以在此处更改缓存大小的截止点，或完全禁用缓存。
创建您自己的插件
要创建您自己的插件类型，您必须实现ReconstructionPlugin。如果您希望插件显示在正常命令中，则必须使用@Plugin注释。如果您这样做，则必须实施 MainReconstructionPlugin 或 SubReconstructionPlugin。插件接口具有用于重建管道的所有不同部分的方法。覆盖您想要的任何一个，您的插件将与所有其他插件一起执行。有关如何制作自己的插件的更多信息，请参阅 github 上的文档。
