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变形追踪器

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ETrack 是一种工具,可通过明场或荧光显微镜成像计算形状变形细胞(例如细胞)的变形。

要使用ETrack,您必须提供延迟图像中细胞的超像素分割图以及从细胞中出来的原始延迟图像。

安装

1.单击PluginsETrack。 2.点击管理更新站点按钮。

  1. 在列表中选择ETrack 更新站点。
  2. 单击关闭,然后单击应用更改。 5.重启斐济。
  3. 使用HelpUpdate…启动插件。

满足

###自动曲率测量

典型的数据集由表面随时间振荡的任何细胞的单二维 (2d) 图像组成。文件格式可以是 Fiji/Bioformats 区别的格式(.tif、.nd2、…)。要运行跟踪器,请选择PluginsETrackAutomated angle and curvature measurement

欢迎面板将打开。 Welcomeetrack

选择模式

对于数据的第一次分析,我们建议使用搭载超像素分割的曲率测量,其中我们预先选择了许多参数。在启动 ETrack 之前,必须在斐济打开下面图像描述的延迟图像和分割。

用户可以选择在单个通道或两个通道上运行计算。对于单通道计算,请从下拉菜单中选择打开的延迟图像。对于双通道计算,选择“加载第二个通道选项”,然后会出现另一个下拉菜单,可以从打开的图像中选择第二个延迟图像。

例如,对于干细胞,用户可以从右侧下拉菜单中选择肌动蛋白通道图像,从右侧下拉菜单中选择膜通道图像。还必须提供细胞的分段图像。对于单个细胞,这将是细胞的二值图像,如果延时图像中存在多个细胞,则分割图像必须是整数标记图像,其中每个整数标签唯一对应于一个细胞。

细胞具有分别的肌动蛋白、膜通道和构图图像: Ch1Ch2Seg 在以批处理模式对此类延时图像的目录运行该程序之前,请至少运行该程序一次。 工作站参数从通道 1 中读取,并显示在欢迎屏幕的工作站参数面板上的像素排列(如上所示)。如果无法从元数据中读取参数,用户可以输入像素大小和第二次转换的时间范围。

按“启动 ETrack”继续。主 ETrack 面板将出现,并且将显示图像的第一帧的间隔。斐济的所有其他开放图像都将关闭。默认情况下,变形测量工具的距离法将在图像的第一帧上运行。 Main

距离法

圆法