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计算机辅助设计单元

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CAMDU (http://www.warwick.ac.uk/camdu) 是华威大学的一个“虚拟设施”。我们拥有多个先进的光学工作站,包括商业和定制系统,以及计算工作站、软件开发和集成PB数据存储。这包括我们由威康资助的晶格光片幸存者和访客计划。

目前,我们的斐济更新网站提供插件 autoQC,用于自动化与工作站质量控制相关的任务。

自动质量控制

使用说明:

autoPSF:期望具有次分辨率的Z堆栈。

autoFOV:期望荧光装载玻片的单个二维图像(样本均匀)。

autoColoc:需要更大分辨率的读珠的 4D 图像 (XYCZT)。

autoStageRepro:需要3D图像(游戏中时光倒流)。应在平移加载物台将其移回原始位置后记录每个时间点。

如果您使用多个文件夹中的文件,输出将保存在第一个文件所在的文件夹中。

您可以操作多系列文件 - 匹配字符串参数告诉程序它应该查找什么字符串子。例如,如果您有一个多系列文件,并且您仅对名称中包含“psf”的系列运行 autoPSF,请使用“psf”作为匹配字符串参数。

请注意,对于多系列文件(例如 mvd2),所有系列都使用相同的结构 - 不要在同一文件上混合不同的物镜!

如有疑问,请参阅第 MetroloJ Manual 了解详细方案。

对于 OMERO 的东西,您需要 OMERO Plugin for ImageJ


参考资料:

施耐德,C.A.; Rasband, W. S. 和 Eliceiri, K. W. (2012),“NIH Image to ImageJ:25年的图像分析”,Nature Method 9(7): 671-675,PMID 22930834

辛德林,J.;阿尔甘达-卡雷拉斯,I. 和弗里斯,E. (2012),“斐济:生物图像分析等开源平台”,Nature Method 9(7):676-682,PMID 22743772,<doi:10.1038/nmeth.2019>

使用以下插件:

生物格式 (https://www.openmicroscopy.org/bio-formats/)

梅丽莎·林克特、柯蒂斯·T·鲁登、克里斯·艾伦、让-玛丽·布雷尔、威尔·摩尔、安德鲁·帕特森、布莱恩·罗兰格、乔什·摩尔、卡洛斯·内维斯、唐纳德·麦克唐纳、亚历山大·塔科斯卡、凯特琳·斯蒂科、艾玛·希尔、迈克·罗斯纳、凯文·W·埃利切里和杰森·R·斯威德洛 (2010)元数据很重要:访问现实世界中的图像数据。细胞生物学杂志 189(5), 777-782。 DOI:10.1083/jcb.201004104

使用的代码来自:

MetroloJ (http://imagejdocu.list.lu/doku.php?id=plugin:analysis:metroloj:start)

Cédric Matthews 和 Fabrice P. Cordelieres,MetroloJ:帮助监测小组健康状况的 ImageJ 插件,2010 年 ImageJ 用户和开发者大会记录

TrackMate (https://imagej.net/plugins/trackmate)

蒂内维斯,JY。 Perry, N. 和 Schindelin, J. 等人。 (2016),“TrackMate:一个开放且可扩展的单跟踪平台。”,方法 115:80-90,PMID 27713081

特别感谢

\——罗伯特·哈斯

-让-伊夫·蒂内维斯