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此页面提供了 CElegansBeadsAnalysis 插件的使用说明和指南。它与论文的出版同时提供:
Mykola Mylenko、Sebastian Boland、Sider Penkov、Julio L. Sampaio、Benoit Lombardot、Daniela Vorkel、Jean-Marc-Verbavatz、Teymuras V. Kurzchalia,NAD+是一种促进秀丽隐杆线虫缓解滞育的食物成分,PLoS One,2016
安装
该插件可以从以下位置下载:。其用法将在下一节中描述,其来源代码可以在MPI-CBG git repository上访问
要安装该插件,请下载该插件并将压缩的文件复制到斐济安装插件文件夹中。接下来重新启动斐济时,插件菜单中将出现一个名为 CElegansBeadsAnalysis 的新条目。
满足
该插件旨在确定各种实验条件下线虫对荧光珠的认可量。更具体地说,该插件旨在分析 2D 图像,其中一个通道显示荧光珠,而另一个通道是蠕虫的白色光图像。
安装插件后,您可以按如下方式分析图片:
- 打开斐济和图像进行分析
- 单击菜单项启动插件
- 将弹出一个窗口,请求以下参数
- Transmission channel: the channel with the transmitted light image of the worms ( note that channel start at 1 )
- Beads channel: The channel showing the beads fluorescent signal
- Minimal mask area: The minimum area of the regions in the worm mask
- Use a manual threshold: if checked, a manual threshold will be used to define the beads region otherwise a threshold of 3 times the mean intensity of the beads image will be used.
- Manual beads Threshold: the threshold used to detect the bead regions in case a manual threshold is requested.
- 设置参数后,单击“确定”,插件将继续分析图像。结果将得到:
- An image of the worm mask
- An image with the beads selection on top of the beads image.
- 2 lines are appended to the results table. The first one indicates the area (in pixel) and mean intensity of the worm mask. The second line indicates the area of the beads selection in pixel and the mean intensity of that selection in the beads image. 在进一步的步骤中,如有必要,可以手动校正蠕虫掩码。在这种情况下,可以通过按 M 键重新测量掩模的面积。本文进一步使用蠕虫掩模面积以及总珠子信号来分析不同实验条件下蠕虫摄入的珠子的相对数量。 备注:请注意,该插件将斐济的“黑色背景”设置(在菜单Process › Binary › Options…中)更改为取消选中。