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盲分析工具

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来源

on GitHub


简介

这些工具的开发是为了促进对（图像）数据的盲目即无偏见分析。

安装

要在斐济安装，请检查名为“盲分析工具”的更新站点。要在 ImageJ 1.x 上安装，请下载 .jar 文件here，将其保存在 Plugins 文件夹中并重新启动 ImageJ。 “盲分析工具”将出现在插件菜单下。

文件名加密器

该工具将随机选择的（图像）文件复制到具有加密名称的新子文件夹（输出文件夹，名称：“BlindRandomFiles”+时间戳）。还保存一个映射文件（名称：“Mappings”+时间戳），该文件将加密名称映射到原始名称。该工具首先要求选择包含文件的目录并选择感兴趣的文件扩展名。此后仅考虑具有所选扩展名的文件。可用文件的数量 (n) 显示在顶部。该工具提供基本和高级模式。

  1. 基本模式下，只需要一个参数，即要复制/加密的文件数量。

filenameencrypterbasic

  1. 在高级模式中，您可以决定是否对文件进行分组。当分组设置为“否”时，每个文件都被视为独立的实体。要对文件进行分组，请将选项设置为“是”并提供子字符串。

filenameencrypteradvance

例如，当不同的通道保存在具有相关名称的单独文件中，并且您希望即使使用加密名称也能保持关系时，分组会派上用场。该工具将查找可用文件名称中第一次出现的子字符串以确定组。这些组的大小可以不同。不包含子字符串的文件名将被视为独立实体。在输出文件夹中，组中的所有文件名将以相同的神秘字符串开头，并具有不同的后缀。例如，当以下六个文件可用时：

1404_1_w1TL-BF_tub0.mat，1404_2_w1TL-BF_tub1.mat，1404_1_w2SD-561.tif，1404_1_w3SD-488.tif，1404_2_w2SD-561.tif， 1404_2_w3SD-488.tif

  • 分组“否”将导致实体/组的数量 = 6

  • 使用子字符串“_w”对“Yes”进行分组将导致实体/组的数量 = 2。文件名将拆分如下：

文件名 第 1 部分 第 2 部分
1404_1_w1TL-BF_tub0 1404_1 _w1TL-BF_tub0 |
1404_2_w1TL-BF_tub1 1404_2 _w1TL-BF_tub1 |
1404_1_w2SD-561 1404_1 _w2SD-561
1404_1_w3SD-488 1404_1 _w3SD-488
1404_2_w2SD-561 1404_2 _w2SD-561
1404_2_w3SD-488 1404_2 _w3SD-488

第 1 部分将确定组，第 2 部分将确定组中每个文件的后缀。在上面的示例中，组中的所有文件都以相同的颜色显示。

在高级模式下，您可以自由选择应在输出文件夹中复制多少文件。请注意，复制超过 n 个文件需要重复。您可以使用 Replicates 下的以下参数控制重复：

  • 最小值：每个文件的最小保证重复次数

  • 最大：每个文件的最大可能重复次数

  • 总数：输出文件夹中要复制的文件总数。总数必须介于最小值*（n 或组数）和最大值*（n 或组数）之间。

以下是 n=6 且无分组的不同重复参数设置的一些示例：

示例 参数设置 结果
1 最小值=0，最大值=1，总计=6 所有六个文件都将使用加密名称复制一次。
2 最小值=1，最大值=1，总计=6 所有六个文件都将使用加密名称复制一次。
3 最小值=1，最大值=2，总计=10 所有六个文件都将使用加密名称复制一次。此外，将随机选择四个文件并以加密名称进行复制。任何文件都不会重复两次以上。
4 最小值=1，最大值=5，总计=20 所有六个文件都将使用加密名称复制一次。此外，还将随机选择 14 个文件并以加密名称进行复制。任何文件都不会重复超过五次。
5 最小值=0，最大值=5，总计=20 将随机选择 20 个文件并使用加密名称进行复制。任何文件都不会重复超过五次。

分析和决定

该工具通过随机打开图像并以加密名称显示它来促进盲目图像分析。因此，用户看不到原始图像名称。您可以在呈现之前提供宏命令以应用于每个图像。例如，如果您想在图像显示之前删除通道（因为它对于分析来说是不必要的或令人困惑的），则此功能可能很有用。

analyse-decidemain

可以对打开的图像做出决定，例如弱/中/强或小/大等。您只需在开始时按“设置”按钮即可输入自己的决定选择。以逗号分隔列表的形式提供您的决策选择，然后按“确定”。请注意，一旦按下“打开第一张图像”按钮，“设置”按钮和宏文本框将被禁用。

analyse-decidesetchoices

单击“打开第一张/下一张图像”按钮可打开下一张图像进行分析。一旦分析了足够数量的文件 (<= n)，请按“完成”完成分析。在此分析过程中，宏命令会记录在后台。决策文件（名称：“BlindAnalyse&Decide_Log”+ 时间戳）和日志文件（名称：“BlindAnalyse&Decide_Decisions”+ 时间戳）将保存在包含详细分析报告的输入文件夹中，其中包括：

  • 分析的开始和结束时间

  • 选择目录

  • 可用文件数和已分析文件数

  • 可用和分析文件的绝对名称

  • 初始宏

  • 录制的宏

限制

  1. 目前，仅处理包含一系列的生物格式文件。包含多个系列的文件未正确处理。
  2. 处理大文件时，复制或打开文件时可能会出现时间延迟。

许可证

这些工具是免费软件；您可以根据自由软件基金会发布的 GNU 通用公共许可证的条款重新分发和/或修改它。分发此程序的目的是希望它有用，但不提供任何保证；甚至没有适销性或特定用途适用性的默示保证。有关详细信息，请参阅GNU General Public License。

联系方式

该插件由海德堡大学 ZMBH 成像设施开发。如果您发现任何错误或有建议，请写信给Astha Jaiswal或Holger Lorenz。