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Adiposoft 是一款自动化开源软件，用于分析组织切片中的脂肪组织细胞结构。 Adiposoft 被开发为 Fiji（ImageJ 的高级发行版）的插件，可以在 Windows、Linux 或 macOS 下运行。该软件可以不受许可限制地下载和使用，由应用医学研究中心成像部门 (CIMA)、University of Navarra 开发。
Journal of Lipid Research于2012年发表了Adiposoft验证论文。
动机
脂肪细胞数量和大小的准确估计提供了有关给定组织或器官的生长动力学和生理状态的相关信息。 Adiposoft 是一款自动化开源软件，用于分析组织学、苏木精和伊红 (H&E) 染色切片上的白色脂肪组织细胞结构。
下载并安装
Adiposoft的最新版本是1.16。（2019年4月8日更新）。 1.如果您的电脑中没有安装Fiji，您可以下载here。
- 下载 Adiposoft 插件here。将 Adiposoft jar 文件复制到 Fiji 应用程序主文件夹的 Plugins 文件夹中。下次启动 Fiji 时，Adiposoft 工具将出现在插件菜单中。
运行 Adiposoft
转到斐济的插件菜单，然后单击 Adiposoft。这将打开 Adiposoft 主对话窗口。
参数选择
在Adiposoft的主对话窗口中，您可以选择多个参数进行分析。即：
- 自动模式：通过选中“自动模式”框，您可以完全自动化模式运行Adiposoft，任何用户操作，如下面的“自动分析”部分所述。
- 手动模式：如果取消选中“自动模式”框，则您可以选择手动细胞编辑初始自动分割的结果。其中包括手动添加、删除、分割或分割脂肪。初始自动分析完成后，编辑器将被激活。此选项仅在一张分析图像时可用（不是“一张图像”），是在批处理模式下（“目录”或“批处理目录列表 – 批处理模式”）。编辑操作将在“手动分析”部分中解释。
- 输出单位默认。情况下，脂肪细胞的面积和直径以像素为单位计算和报告。如果图像的排列已知，您可以选择“微米”，但请准备好在按“确定”时出现的对话框窗口中介绍与图像的一个像素相对应的微米数。
- 您想要分析多少图像。您可以选择运行Adiposoft一次分析一个图像（“一个图像”）、包含要分析的所有图像的目录（“一个目录”）或一个目录及其下面的所有目录（“查询目录列表 – 批处理模式”）。
点击“确定”后，系统将提示选择要分析的图片、包含图片的目录（如果您选择分析“目录”）或父目录（如果您选择分析“通话目录列表”）。
接下来，系统将提示您选择或创建要存储分析结果的输出目录。
自动分析
如果您选择在自动模式下运行 Adiposoft，程序会分析所选图像，并将结果存储在输出目录中。
如果您选择分析“一个图像”，输出目录将包含一张图像，其中分割结果覆盖在图像原始上，以及一个Excel文件，其中包含脂肪细胞的完整列表及其图像覆盖和外形等效。如果您选择分析“一个目录”，输出目录将包含Excel文件，包含其中所有的图像脂肪细胞列表覆盖其及其参数，以及一个名为原始目录的目录，其中一个所有图像输入每个Excel文件，其中包含该特定选择图像的结果。如果您分析“目录列表”，则输出文件夹将包含复制输入树的目录树，但包含分析结果。
手动分析
如果您选择在手动模式下运行Adiposoft，程序会自动分析所选图像，然后提供使用新闻窗口中显示的工具栏的编辑选项编辑结果的选项。该工具栏包含以下按钮：
- 结束：关闭窗口结果存储在选定的批量目录中。
- 删除：删除对象，可能对应于错误分割的脂肪细胞，或错误分类为细胞脂肪的组织部分。出现提示时，单击要删除的对象，然后按确定。 -添加：允许邻近与最初未检测到的单元格边界相对应的闭合。
- 合并：合并各种对象，可能是错误分割的脂肪细胞的部分。因此，您可以进行闭合闭合。最终的“合并”单元格将包含（作为单个对象）由定义的新区域以及相等增强的所有单元格的区域。
- 分离：根据用户不同的线路将对象分成两部分。
- 取消删除：恢复上次完成的操作。
图像数据集
可以从不同的组织库（腹膜后（RP）、肠系膜（MES）和皮下（SC））下载获得的一组组织学切片图并用于测试Adiposoft。 (Download)
工具
Metamorph Macro（Molecular Devices，美国）可利用显微镜自动采集组织学样品的图像。
MATLAB 下的 Adiposoft（高级用户）- 仅维护到 2014 年 12 月
Adiposoft 的一个版本在 Linux OS Fedora 14 上完全使用 MATLAB v.7.11 和 DIPlib v2.2 C 图像处理库 [11] 开发的。要运行 Adiposoft，需要该软件的相同或更新版本，但可以通过操作系统。MATLAB 需要非免费许可证。 ADIPOSOFT - §§5§§§版本（下载）
在MATLAB下安装Adiposoft之前，您必须下载并安装DIP映像库DIPlib v2.2 C，可以在此处下载。安装DIPlib后，您必须解压AdiposoftMatlab.zip文件。要运行Adiposoft，请执行MATLAB中的.m文件
注意：由于 DIPlib 和 MATLAB 版本之间的兼容性问题，在MATLAB下安装 Adiposoft 可能会有点棘手。我们将很乐意帮助您进行安装。因此，请联系 mgalarraga@unav.es 寻求帮助。
