3D Objects Counter+ 是一个 Fiji/ImageJ 插件，用于统计和测量图像堆栈中阈值 3D 对象。它通过针对对象形状、体积、空间、费雷特直径和强度的固定最小/最大过滤器扩展了全新的3D Objects Counter工作流程。
该插件专为需要熟悉的阈值、尺寸过滤器、地图、统计、测量方向和 3D 对象粒子的宏观工作流程的用户而设计，在创建最终地图和结果表之前还需要额外的形态过滤器。
安装
3D Objects Counter+ 通过 ImageJ 更新站点分发：
需要安装它：
1.启动斐济。 2.选择Help › Update…。 3.点击“管理更新站点”。 4.点击添加未注册的站点，或启用3DObjectsCounterPlus（如果已注册）。 五、用途：
- 姓名：
3DObjectsCounterPlus - 网址：
https://sites.imagej.net/3DObjectsCounterPlus/6.应用更改并重新启动Fiji。
重新启动后，运行以下命令：
Analyze > 3D Objects Counter+
##主要工作流程
3D 堆栈，然后运行*分析 > 3D 对象计数器+**。该对话框将打开，标题为 3D Objects Counter+。
主要控制有：
Image，显示将被计数的堆栈。Threshold，设置对象检测的体素强度强度值。Slice，在检查阈值时更改显示的 z 切片。Filters:，包含固定的Min和Max范围。Exclude objects on edges，删除接触堆栈边界的对象。Maps to show:，以及Objects、Surfaces、Centroids和Centers of mass。Results tables to show:，以及Statistics和Summary。Redirect measurements to:，在检测活动图像中的对象时测量另一个打开图像的强度。Preview、OK和Cancel操作按钮。
帮助按钮打开About 3D Objects Counter+ Controls，其中解释了对话框对话框、过滤器作用、地图、结果表和操作按钮。
阈值和评分
该对话框从中心切片开始，并使用中心切片 IsoData 阈值作为初始值。更改 Threshold 或 Slice 会更新阈值显示，以便在运行对象计数之前检查是否与阈值的体素相同。
Preview当前设置运行对象变量，显示选定的预览图，对话框保持打开状态。预览地图窗口的终端为[Preview]。OK使用当前设置运行对象变量，打开选定的最终输出，在ImageJ宏记录器中活动时记录宏选项，然后关闭状态对话框。
过滤器
过滤器的最小/最大范围是固定的默认。范围是不可修复的，因此只有当用户收紧或很快时才会删除对象。
可用的过滤器行有：
Size (Voxels)，默认最小10和最大设置为库体素计数。Sphericity，从0到1。Compactness，从0到1。Elongation，从1到Infinity。Volume (<unit>^3)，仅当图像具有调整的空间单位时显示。Surface area，从0到Infinity。Mean intensity，从0到Infinity。Max intensity，从0到§§§20§§§。- §§§21§§§，从§§§22§§§到§§§23§§§。
多个过滤器通过 AND 逻辑组合在一起，因此对象必须通过每个活动范围才能保留在最终结果中。
测量方向
Redirect measurements to:定义活动图像检测到的物体，而另一个开放图像提供强度测量和强度加权质心。当在控制器、过滤器堆栈或分割图像上执行物体检测，而应从原始通道测量强度时，这非常有用。
图像重定向必须已打开，并且必须与检测图像宽度、高度和堆栈深度匹配。
输出
3D Objects Counter+ 可以创建以下地图窗口：
Objects map of <image>，一个带标签的对象图，对象编号位于质心。Surfaces map of <image>，表面体素图的一个标记，其物体编号位于质心。Centroids map of <image>，几何质心处的点图。Centers of mass map of <image>，强度加权质心处的点图。
它还可以创建：
Results for <image>，每个对象的统计表。- ImageJ 日志摘要报告阈值、大小范围、对象脚本和动作脚本。
统计表包括积分式测量，例如积分密度、精度、标准差、顶部、顶部、质心（X、Y、Z）、质心（XM、YM、ZM）、边界框字段、对象标签和格式列，例如Morph_Sphericity、Morph_Compactness、 Morph_Elongation和Morph_Feret3D_um。
对于高的对象数量，可以省略文本非常数字以保持地图窗口更轻。地图像素标签和统计表仍然生成。
支持的输入
交互式命令适用于活动 Fiji/ImageJ 图像。它需要一个非空图像库来进行 3D 对象统计。标准斐济安装提供了插件使用的底层 ImageJ 图像本模型和机 3D 对象投票组件。
当图像具有真实的空间安排单元而不只是像素单元时，就会出现调整体积过滤。强度滤波器和质心是根据检测图像测量的，而不是选择了重定向图像。
宏的使用
3D Objects Counter+ 是可记录宏的，并且可以从 ImageJ 宏中调用：
run("3D Objects Counter+", "threshold=128");
更完整的调用可以结合阈值、大小限制、边界修复、测量方向、形态过滤器和输出可视性：
run("3D Objects Counter+",
"threshold=128 min=20 max=Infinity " +
"exclude_edges sphericity>=0.6 volume>=100 " +
"redirect=[raw.tif] hide_surfaces hide_centroids");
支持的直接过滤器令牌包括volume、volume_calibrated、surface_area、sphericity、compactness、elongation、elongation 、mean_intensity、max_intensity和feret_diameter_max。支持的交互包括>=、<=、>和<。
可以使用 hide_labels、hide_surfaces、hide_centroids、hide_centers_of_mass、hide_stats 和 hide_summary 隐藏输出窗口。英国 hide_centres_of_mass 删除也被接受。
Java API
公共 Java API 位于 sc.fiji.oc3dplus.api 下面。主要入口点是OC3DPlus，参数通过OC3DPlusParameters构建，结果返回为OC3DPlusResult。
OC3DPlusParameters params = OC3DPlus.builder()
.threshold(128)
.minSize(20)
.addFilter("sphericity", ">=", 0.6)
.build();
OC3DPlusResult result = OC3DPlus.count(imp, params);
该API可以对一张图像进行统计或处理图像列表，然后打开ImageJ结果窗口。
运行时依赖
该插件 Fiji/ImageJ 并使用标准 Fiji 3D 对象统计堆栈。更新站点记录对 ImageJ、mcib3d-core、本机 3D_Objects_Counter 和 Colocalization_Image_Creator 的依赖关系，因此正常的更新站点需要安装会解析运行时文件。
引用
发布使用 3D Objects Counter+ 的作品时，请使用源存储库中的引文元数据引用该插件。另外请引用它所构建的上游工具：Bolte 和 Cordelieres 的原始 3D Objects Counter 工作，以及 Olion 及其同事的 mcib3d 工作。
