从2017年9月20日星期三到2017年9月28日星期五，§§1§§§的§§0§§§在§§§0§§召开了hackathon的KNIME Konstanz Regional Office会议，以开发KNIME处理扩展以及基础ImageJ Ops库，以及其他相关技术，例如Ilastik、ImgLib2和BigDataViewer。
当前的重点是机器学习，特别是评估生物数据的深度学习网络。
参与者
- KNIME：Gabriel Einsdorf、Christian Birkhold (Dietz)、乔恩·富勒、Christian Birkhold (Dietz)、Alexander Fillbrunn、Jonathan Hale、Martin Horn、Simon Schmid、Marcel Wiedenmann
- MPI-CBG 德累斯顿：Patrick Winter、Florian Jug、Matthias Arzt、Tim-Oliver Buchholz、Tobias Pietzsch、Mangal Prakash、Deborah Schmidt、Vladimír Ulman
- 其他：Benjamin Wilhelm、简·埃格林格、Carsten Haubold、Stefan Helfrich、§§§20§§§、§§§21§§§、Julianus Pfeuffer、§§§22§§§、Jonas Probst、René Rahn、§§§23§§§
黑客马拉松进展
柯蒂斯·鲁登
- 与David Kolb合作，通过Travis CI自动发布SciJava components（1、3、2）。
- 帮助Klim Kolyvanov改进
imagej-maven-plugin（1） - 审查并合并了Kevin Mader对SciJava日志框架的最终修改（1、1）。
- 审查并合并了Stephan Preibisch的工作，为
File[]输入添加了SciJava小部件（2、3、2）。 - 在第 Curtis Rueden 中，开始研究几个相关的 SciJava 脚本增强功能 (1)。
- 帮助Stefan Helfrich和§§§14§§§进行ImageJ/TensorFlow集成和API改进（即将发布§§§20§§§的PR）。
- 通过§§§15§§§，继续开发下一代SciJava Struct API，包括彻底修改的小部件框架和Swing小部件实现（在撰写论文时，在§§§21§§§存储库的尚未分支上；请参阅§§§26§§§以获取说明的书面更新）。
- 帮助§§§16§§§使用§§§27§§§设置他的§§§17§§§将其部署到ImageJ Maven存储库。
弗洛里安壶
- 开发了 KNIME 工作流程，在图像列上启动 IsoNet 类型的深度网络。现在运行良好，但希望我们将平铺执行从 python 中移出并移至 KNIME（以及斐济）中。后续工作将由Stefan Helfrich和Matthias Arzt执行。
- TGMM 腹股沟收到真实数据并开始处理 Tr3d 练习数据集。
- 开始研究Tr2d的最小细胞周期约束。这使得ILP爆炸……
- 与 简·埃格林格、简·埃格林格 和 Benjamin Wilhelm 讨论 2018 年 ImageJ 会议细节。
蒂姆·奥利弗·布赫霍尔茨
- 从事第Big Data Viewer GUI工作。
- 帮助Deborah Schmidt和Christian Birkhold (Dietz)进行KNIME图像处理节点开发。
- 修复了
imagej-ops（shiny new Ilastik-ImageJ integration）中Haralick功能集的DefaultDifferenceVariance功能。本杰明·威廉
- 致力于 CSBDeep 斐济插件。
- 在 imglib2 中为 TiledView PR重叠了重叠。
- 在 Carsten Haubold 的帮助下，致力于
imagej/imagej-tensorflow中的 API 改进。 - 编程的KNIME图像处理节点，提供图像图块上的循环。参见branch on GitHub。
斯特凡·赫尔弗里奇
- 致力于改进
imagej-maven-plugin（1、1、2） - Deborah Schmidt、Benjamin Wilhelm 和 Curtis Rueden 开始将其 SciJava 命令积分为 KNIME 节点
- 已审核
imagej-ops（3、1、2、4）的PR - 研究了从 MorphoLibJ 到 Ops/ImgLib2 的迁移算法
- 与 Stefan Helfrich 合作，将 ImageJ 1.x 插件迁移到 SciJava Command（可能还有用于计算的 Ops）
- 修复了有关
@Parameters（3、1）的一些错误 ——结合Tobias Pietzsch配置，推动基于云的基础设施建设和部署
托比亚斯·皮茨奇
- 致力于imglib2分区区域框架（imglib2-roi分支“cleaned-up”、imglib-tests分支“roi”）。
- 审查了imglib2-roi 2，并致力于核心接口和操作符的修订/重新实现（imglib2-roi 分支“troi”）。
- 负责审核Max Kleinhenz的“动态书签”功能将其集成到BigDataViewer中。
- BigDataViewer 的次要功能可帮助 Matthias Arzt 和 Big Data Viewer GUI。
马蒂亚斯·阿兹特
- 致力于 scijava 日志框架的改进。
- 在LoopBuilder上工作，作为使用imglib2在图像上编写循环的工具。
- Tim Oliver 和 Stefan Hilfrich 介绍了 KNIME 节点开发
- 创建了一个 KNIME 图像处理插件，用于基于 Labkit / Trainable Segmentation 的图像分割。
技术讨论
- 斐济组件和应用程序版本：今天和未来（Vladimír Ulman、Curtis Rueden、Carsten Haubold）
- Next stable release (December 2017) will still follow the ‘old’ way of doing things.
- In case the DFG grant comes in and we hired the 2 people they will start implementing the new way of cutting stable releases. This will be great!
- 如何集成ImageJ、KNIME和机器学习框架（特别是Keras和TensorFlow）
