TrakEM2软件已在PLoS ONE 1中发布，为该程序建立了。TrakEM2于2005年开始，当时Albert Cardona与Rodney J. Douglas在瑞士苏黎世神经信息学研究所工作了整个过程，建立了一个基于ImageJ的程序，以帮助从大图像中重建回路。
在其发展道路上，TrakEM2 促进了图像配准软件库的开发，最初了德累斯顿 MPI-CBG §§7§§§ 实验室的 Stephan Saalfeld 和 Stephan Preibisch 的非凡工作。Albert Cardona 在 TraKEM2 上的工作为 Johannes Schindelin、Bene Schmid 和 Mark Longair 的 VIB 库做出了贡献，特别是针对 3D渲染架构和架构的3D Viewer2 的开发。scripting实用程序现在存在于斐济和斐济本身，是从 TrakEM2 中或与 TrakEM2 相关的工作中剥离出来的。
TrakEM2现已达到version 1.0并且功能完整。
