2019 年学习马拉松

第三届 DAIS 学习马拉松将于 2019 年 6 月 23 日至 6 月 29 日举行。
您还可以查看 2017 Learnathon 和 2018 Learnathon 维基页面！

导师

Brian Northan “我目前是 KNIME 的在职学生，从事 KNIME 图像处理和 KNIME 深度学习工作。我在 MPI-CBG / CSBD 的 Jug-Lab 实习过，开发 CARE 斐济插件并将 CARE 引入 KNIME。我喜欢 Linux、Git 和开源软件。”

Benjamin Wilhelm “我目前担任合同图像处理研发工程师。我帮助团队开发新颖仪器的反卷积和单粒子定位算法并将其商业化。我与开源社区有着密切的联系，并为 ImageJ 做出了一些贡献，特别是 imagej-ops 和 imagej-tutorials。我曾与开放科学基金会等组织合作，使用 KNIME 开发可重复的工作流程。我还是奥尔巴尼大学信息学，使用 Python 和 KNIME 教授数据分析。”

Florian Jug “一年前，我开始在 Florian Jug 的 MPI-CBG 实验室担任研究软件工程师。在作为自由职业者构建交互式安装和可视化之后，我在寻找开源开发工作时发现了 Fiji 社区。我目前重新考虑更新程序，负责 CSBDeep / CARE Fiji 插件和 CLIJ 的 IJ2 Ops 部分。”’

Deborah Schmidt “Florian 是德累斯顿系统生物学中心 (CSBD) 的小组组长。他的研究旨在突破计算机视觉和机器学习在生物图像数据的自动和半自动量化方面的界限。Florian 在慕尼黑工业大学学习计算机科学，并在苏黎世联邦理工学院获得计算神经科学领域的博士学位。除了开发用于（半）自动分析生物医学图像数据的新方法之外，他还团队还积极参与维护和开发图像分析平台 Fiji (www.fiji.sc)。”

John Bogovic “在波尔多成像中心担任工程师后，我目前是波尔多跨学科神经科学研究所 Sibarita 实验室的研究员。我编写了几个 ImageJ 插件，用于分割或量化不同类型生物模型的并置或形态。我还从头开始开发了两个名为 SR-Tesseler 和 Coloc-Tesseler 的平台，用于量化单分子定位显微镜数据。”

Florian Levett ‘‘我是 Janelia 萨尔菲尔德实验室的博士后，从事解剖模板和大规模多模态图像配准工作。我是 Bigwarp Fiji 插件的作者，并为 imglib2 和 bigdataviewer 做出了贡献。我心中有很大的空间来容纳深度学习的“新热点”和“老派”计算机视觉技术。”

Philipp Hanslovsky “大约三年前，我开始为斐济开发。我正在积极开发 Labkit，这是一个斐济插件，用于简单但具有大数据能力的图像分割。我正在为 ImageJ 和 Fiji 的核心做出贡献。我非常喜欢简单、强大且可用的软件。我很高兴讨论：如何将您拥有的任何令人惊叹的工具集成到 ImageJ / Fiji 中。

Matthias Arzt ‘‘我目前是 Janelia 萨尔菲尔德实验室的研究生。我致力于通过机器学习从电子显微镜数据重建神经元，并开发校对和数据注释工具。我是一名 ImgLib2 和 Kotlin 爱好者，喜欢编写高效的图像处理和分析软件”

Pavel Moravec ‘‘我是 MPI-CBG / CSBD Jug 实验室的博士生。我致力于电子显微镜数据的内容感知图像恢复应用程序。我通过 KNIME 图像处理了解了 ImageJ-Universe，为 imagej-ops 做出了贡献，而且我是 BigDataViewer 的粉丝。”

Tim-Oliver Buchholz “我是 IT4Innovations 国家超级计算中心的研究员，也是致力于使 ImageJ2 / Fiji 在大规模并行高性能计算环境中运行并解决与此类任务相关的问题的小组成员。我们小组致力于通过批处理管道处理大型图像数据，特别是光片显微镜数据。对于这项任务，我们正在开发具有 ParallelService 的 scijava 并行库以及 imagej-server 和 imagej-server 的扩展未来，我们也考虑将 ParallelService 扩展到云环境，我也在处理因需要在 HPC 环境之间传输数据而产生的问题。”

Robert Haase ‘‘我是 MPI-CBG / CSBD Jug 和 Zechner 实验室的博士后。我是 ImgLib2、BigDataViewer、BigVolumeViewer、Mastodon 等的共同作者和维护者。” Tobias Pietzsch ‘‘我是 MPI CBG / CSBD 迈尔斯实验室的博士后。我是CLIJ的创造者。在我的实际工作中，我在ClearControl平台上开发、运行和维护定制智能显微镜。我的工作是在采集图像后但在将图像写入光盘之前对其进行分析。我们的显微镜非常智能，甚至使用 twitter。”

Ulrik Günther ‘‘嘿！我目前是 CSBD Sbalzarini 实验室的博士生。我正在尝试将 VR 带入显微镜和系统生物学领域，例如通过启用显微镜的 VR 控制，或开发 scenery 和 ImageJ 的新 3D 查看器，sciview。”

＃＃ 日程

参见this page！

＃＃ 准备

＃＃＃ 知识

我们希望课程参与者能够熟悉：

1. 使用终端/Unix Shell。 2.使用Git版本控制工具 3.Java编程

如果您还没有使用过终端/Unix。请阅读本在线教程的第 1 章至第 3 章https://swcarpentry.github.io/shell-novice/.

如果你不懂git，请看一下这个教程：http://swcarpentry.github.io/git-novice/.

有很多 Java 入门书籍。如果您想做好充分准备，您可能还想了解 Java 中的泛型。

＃＃＃ 软件

带上您的笔记本电脑并确保您安装了终端、Git 和 Java IDE（Eclipse 或 IntelliJ）。

＃＃ 周一

9:00 - 10:00

• Florian Jug 和 Pavel Tomancak 欢迎。
• Scientific speed dating

10:00 - 12:00 ImageJ2 API 跳动

• slides
• Coding a ImageJ2 plugin template
• Coding a workflow with ImageJ2
• Translating a workflow to the GPU

13:00-14:00 阅读和书写图像

我们现在将使用 Simplified-IO，正如其创建者 Gaby Turek 所说，这就是给猪涂口红。尽管如此，如果您只想从磁盘或某些远程源打开图像，它非常有用。保存 TIFF 文件也很有用。该存储库的唯一目的是使加载和保存变得简单。 （是的，在 ImageJ/Fiji 中有 1000 种打开图像的方法，而这是另一种方法……但由于它只是包装其他打开/保存图像的方法，因此即使我们改变了幕后实际发生的情况，我们也会尝试保持 simple-io 稳定。）

对于这个小讲座，我们的目标是：

• 启动一个名为 io-lecture 或类似名称的新 Maven 项目。
• 使用您早期项目中的 POM，或者受到 this page 的启发
• 如果这样做，请确保还在新 POM 旁边创建文件夹 src/main/java。然后导入到您的 IDE（例如 Eclipse）中。
• 请将SciJava父POM的版本更新到最新版本。使用 https://maven.scijava.org/#nexus-search;quick~pom-scijava 找出这是哪个版本。
• 您必须向 POM 添加合适的依赖项才能使用 Simplified-IO。 https://github.com/fiji/simplified-io 的自述文件将告诉您更多信息…
• 现在请尝试打开t1-head.zip图像并将其显示在屏幕上。
  • How to load the image might be seen in the readme at https://github.com/fiji/simplified-io.
  • Soon we will learn more about how to view images, but for now you can, for example, use ij.ui().show( "img", loadedImage ), which is available as soon as you started an ImageJ2 via final ImageJ ij = new ImageJ().
• 只是为了好玩，您可能还想保存刚刚加载的图片。

14:00-14:30 查看图片

请下载Learnathon repo。或获取代码here

图片为here

解压放置“images”目录放置在 learnathon-2019/ 目录旁边

或者，如果您独立克隆了“viewing-images”存储库，则将“images”目录向上放置2级。

幻灯片可以找到here

15:00-16:00 ImageJ-Ops：DoG 金字塔

ImageJ Tutorials

Widget-Demo显示所有可用的输入@参数的所有不同的小部件。

DoG Pyramid example.

16:00 - 16:30 图像和点转换概念

概念：

• pixels are not little squares
• “正向”变换适用于点，“反向”变换适用于图像。 Here’s why
• 您的图像不会平移/移动的图像 - 尊重原点。
• 将您的应用程序保存到磁盘上进行任何转换，因为：
  • You can retransform an image from the original image + transform,
  • You can not get a transformation back from the transformed image.

    星期二

9:00 - 12:00 ImgLib2 深入研究

本课程介绍了以下示例：https://github.com/imglib/imglib2-introductory-workshop

13:00 - 14:00 观众：大数据观众

本课程介绍了以下示例：https://github.com/bigdataviewer/bigdataviewer-workshop

14:00 - 15:00 观众：sciview

https://github.com/skalarproduktraum/sciview-tutorial

15:00 - 16:00 Paintara 演示

https://github.com/fiji/learnathon-2019/tree/-/paintera

周三

9:00 - 10:30 ImgLib2：社区和标签

本课程完成了第 https://github.com/imglib/imglib2-introductory-workshop 中的最后两个示例

10:50 - 12:00 ImageJ2 中的 ROI

演示和练习：https://github.com/maarzt/imagej-roi-course

13:30 - 15:00 使用 imglib2 进行空间变换

该课程包括三个转换点和图像的示例，以及将转换点呈现为图像的演示。

https://github.com/bogovicj/transforms_tutorial

##四

9:00 - 12:00：SciJava - 服务、插件、命令和上下文

演示和练习可以在这里找到：https://github.com/maarzt/imagej-scijava-course

13:00 - 15:00：KNIME介绍

周五

9:00 - 12:00 KNIME 图像处理基础知识

材料可以在这里找到https://github.com/knime-ip/knip-course

13:00 - 14:00 Imklib，使用 Kotlin 中的 imglib2

https://github.com/hanslovsky/imklib-tutorial

14:00 - 15:00 SciJava 教程

https://github.com/fiji-hpc/scijava-parallel

15:00 - 16:00 更新站点

How to set up and populate an update site