第二届DAIS学习马拉松于2018年6月3日至9日举行。
This page 是去年活动的 Learnathon Wiki 页面！
日程安排
参见this page！
##您设置的系统
检查您是否进行了此设置：
- 日食（霓虹灯）
- bash/zsh
- 胃肠道 ——梅文
- 吉特
星期一
介绍会…
参见slides！
使用 Eclipse 启动 Maven 项目
参见slides
要克隆的Git存储库：
git@github.com:imagej/example-imagej-command.git
注意：如果您想切换到旧版 UI (ImageJ 1)，则满足 POM 中的依赖项部分更改为…
<dependencies>
<dependency>
<groupId>net.imagej</groupId>
<artifactId>imagej</artifactId>
</dependency>
<dependency>
<groupId>net.imagej</groupId>
<artifactId>imagej-legacy</artifactId>
</dependency>
</dependencies>
ImgLib2 简介
要克隆的Git存储库：
（Slides包含在存储库中。）
星期二
ImageJ2 和 SciJava
- 在我们的生态系统中搜索内容：https://search.imagej.net
- SciJava and ImageJ Ops Jupyter notebook / slides
- Slides from last year’s Learnathon about SciJava community
- Developing ImageJ in Eclipse
ImageJ2 操作
ImageJ 遗产
ImageJ遗产课程主题的主题：图像、表格、感兴趣的区域和命令执行。
- ImageJ Legacy Exercises (Slides Included)
- 去年cheatsheet
- 去年课程Slides Old Exercise 1 Old Exercise 2 Old Exercise 3
Jupyter 笔记本
- ImageJ2 Tutorial Notebooks
- 安装：
- Anaconda (we suggest miniconda) should be installed on your system.
- Clone to a place of your choice:
git clonehttps://github.com/imagej/tutorials - go into the tutorials folder you just cloned
- create a conda environment:
conda env create - activate the new environment:
source activate scijava - start jupyter notebook:
jupyter notebook
- beakerx的有用链接
- Python client for ImageJ
git
- 请参阅第Git页！
周三
KNIME 用法
- 从here下载并安装 KNIME 分析平台
KNIME开发介绍
-确保您已安装 Eclipse Oxygen
- 克隆https://github.com/knime-ip/knip-sdk-setup
- 克隆https://github.com/knime-ip/knip-course
开发 ImageJ Ops
- 克隆https://github.com/imagej/tutorials（但你已经拥有它了，对吧？）
- 在Eclipse中导入
maven-projects/create-a-new-op。 - 另请参阅Adding new ops指南
- 另请参阅第 here 链接的“扩展 ImageJ：Ops”笔记本
ImageJ 服务器
- https://github.com/imagej/imagej-server
- imagej.server Python module
- Example Jupyter notebook using imagej-server
- Remote HPC cluster parallelization support in SciJava plugins
##四
ClearVolume 和 BDV VisTools
- Slides
- 要克隆的存储库：
- ImgLib2实例服务器（可选）：
https://github.com/imglib/imglib2-cache-examples.git - Vistools住在这里：
https://github.com/bigdataviewer/bigdataviewer-vistools.git
###风景与科幻
- Slides / zipped keynote
- 要克隆的存储库：
- 风景重建：
https://github.com/scenerygraphics/scenery - sciview仓库：
https://github.com/scenerygraphics/sciview
KNIME ImageJ2 集成
- 课程：
https://github.com/knime-ip/knip-course（查看README.md） - KNIP ImageJ2 存储库：
https://github.com/knime-ip/knip-imagej2
周五
Imglib2 算法
- 幻灯片：https://github.com/maarzt/imglib2-algorithm-workshop/blob/-/slides/presentation.pdf
- 练习：https://github.com/maarzt/imglib2-algorithm-workshop
