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Linux 命令行教程

连接集群

我们将使用 SSH(安全外壳)连接到集群。在 macOS 上,我们只需打开一个终端窗口(在ApplicationsUtilities下),在 PC 上,我们可能需要下载 ssh 客户端,例如Putty

在终端中输入:

ssh madmax.mpi-cbg.de

并输入您的密码:

tomancak@madmax.mpi-cbg.de 的密码:   

现在您已加入集群!

最后登录: 2013 年 5 月 19 日星期日 09:01:24 从 10.1.7.16  
“平台HPC”3.1(build 7211)管理节点  
欢迎来到 MPI-CBG 集群主节点。  
[tomancak@madmax ~]$

四处走动

pwd - 打印工作目录

[tomancak@madmax ~]$ pwd  
/home/托曼卡克

cd - 更改目录

[tomancak@madmax ~]$ cd /项目  
[tomancak@madmax 项目]$ pwd  
/项目

~ - tilda 表示主目录

[tomancak@madmax 项目]$ cd ~  
[tomancak@madmax ~]$ pwd  
/home/托曼卡克

/ - 斜杠 划分目录,其本身表示根目录

[tomancak@madmax ~]$ cd /  
[tomancak@madmax /]$ pwd  
/

. - 当前目录,例如,如果我们想在当前目录中执行脚本,我们可以这样做:

./可执行脚本  

这告诉解释器在当前目录而不是其他地方查找文件executable_script

.. - 上一级目录

[tomancak@madmax 项目]$ cd ..  
[tomancak@madmax /]

按 Tab - 自动完成,我们不需要输入长的目录名称,开始输入名称并按 Tab,Linux 系统将自动完成或显示您拥有的选项。

[tomancak@madmax ~]$ cd /projects/toman + 按 Tab  
[tomancak@madmax ~]$ cd /projects/tomancak_lightsheet  
[tomancak@madmax tomancak_lightsheet]$

操作文件

ls

更多的

尾巴

纳米

MV

cp

SCP

rm

mkdir

rmdir

枪拉链

焦油

权限

chmod

须藤

管道和重定向

|

>

厕所

其他

哪个

顶部

手表

grep

种类

寻找

男人

在集群上使用

在这里,我们将所有这些优点发挥出来,让我们在集群上的生活变得更加轻松。

提交作业后,我们希望监控进度。例如 bjobs -r 为我们提供了一个总结正在运行的作业的输出。如果有很多的话,就没那么有用了。数一下它们怎么样?

bjobs -r | |厕所-l  
160

更有用的是,我们有 160 个作业正在运行。那些悬而未决的事情又如何呢?我们可以这样做:

bjobs -r | | grep 挂起|厕所-l  
40

好的 40. 现在,有多少作业实际成功完成?假设他们在 ../../ouput 中创建了一些 .tif 文件:

ls ../../输出/*.tif |厕所-l  
200

很好,看来200已经完成了。在这些命令上不断按 Enter 很诱人,但也很烦人。使用:

观看 -n5 'ls ../../output/*.tif |厕所-l' 

连续输出:

每 5.0 秒: ls ../../output/*.tif |厕所-l                                                                                               
2013 年 5 月 20 日星期一 21:16:37  
180

即我们获取每 5 秒自动更新一次的文件数量(不带 -n 参数,默认每 2 秒)。