连接集群
我们将使用 SSH(安全外壳)连接到集群。在 macOS 上,我们只需打开一个终端窗口(在Applications › Utilities下),在 PC 上,我们可能需要下载 ssh 客户端,例如Putty。
在终端中输入:
ssh madmax.mpi-cbg.de并输入您的密码:
tomancak@madmax.mpi-cbg.de 的密码: 现在您已加入集群!
最后登录: 2013 年 5 月 19 日星期日 09:01:24 从 10.1.7.16
“平台HPC”3.1(build 7211)管理节点
欢迎来到 MPI-CBG 集群主节点。
[tomancak@madmax ~]$四处走动
pwd - 打印工作目录
[tomancak@madmax ~]$ pwd
/home/托曼卡克cd - 更改目录
[tomancak@madmax ~]$ cd /项目
[tomancak@madmax 项目]$ pwd
/项目~ - tilda 表示主目录
[tomancak@madmax 项目]$ cd ~
[tomancak@madmax ~]$ pwd
/home/托曼卡克/ - 斜杠 划分目录,其本身表示根目录
[tomancak@madmax ~]$ cd /
[tomancak@madmax /]$ pwd
/. - 当前目录,例如,如果我们想在当前目录中执行脚本,我们可以这样做:
./可执行脚本 这告诉解释器在当前目录而不是其他地方查找文件executable_script。
.. - 上一级目录
[tomancak@madmax 项目]$ cd ..
[tomancak@madmax /]按 Tab - 自动完成,我们不需要输入长的目录名称,开始输入名称并按 Tab,Linux 系统将自动完成或显示您拥有的选项。
[tomancak@madmax ~]$ cd /projects/toman + 按 Tab
[tomancak@madmax ~]$ cd /projects/tomancak_lightsheet
[tomancak@madmax tomancak_lightsheet]$操作文件
ls
更多的
尾巴
纳米
MV
cp
SCP
rm
mkdir
rmdir
枪拉链
焦油
权限
chmod
苏
须藤
管道和重定向
|
>
厕所
其他
哪个
顶部
手表
grep
种类
寻找
男人
在集群上使用
在这里,我们将所有这些优点发挥出来,让我们在集群上的生活变得更加轻松。
提交作业后,我们希望监控进度。例如 bjobs -r 为我们提供了一个总结正在运行的作业的输出。如果有很多的话,就没那么有用了。数一下它们怎么样?
bjobs -r | |厕所-l
160更有用的是,我们有 160 个作业正在运行。那些悬而未决的事情又如何呢?我们可以这样做:
bjobs -r | | grep 挂起|厕所-l
40好的 40. 现在,有多少作业实际成功完成?假设他们在 ../../ouput 中创建了一些 .tif 文件:
ls ../../输出/*.tif |厕所-l
200很好,看来200已经完成了。在这些命令上不断按 Enter 很诱人,但也很烦人。使用:
观看 -n5 'ls ../../output/*.tif |厕所-l' 连续输出:
每 5.0 秒: ls ../../output/*.tif |厕所-l
2013 年 5 月 20 日星期一 21:16:37
180即我们获取每 5 秒自动更新一次的文件数量(不带 -n 参数,默认每 2 秒)。