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TrackMate 显示设置

从版本 7 开始,我们重新设计了第 TrackMate 中完全的显示设置。 您现在可以使用更多参数调整轨迹的显示方式。 Jan Eglinger 最初创建了一个配置选项,允许更改 TrackMate 中着色的查找表 (LUT)。我们在此基础上通过调整用于 Mastodon 设置的模式来扩展它

显示设置面板

在 UI 的配置视图面板中,现在有一个按钮可以切换显示设置面板的可见性。

/media/plugins/trackmate/trackmate-display-settings-1.png

这个新面板允许您配置现在可用的所有显示设置,其中只有部分在配置视图面板上可用。

/media/plugins/trackmate/trackmate-display-settings-2.png /media/plugins/trackmate/trackmate-display-settings-3.png

您在此面板中进行的任何更改都将立即反映在当前打开的视图中。 该参数的意义总结如下:

/media/plugins/trackmate/trackmate-display-settings-4.png

配置默认显示设置

您可以更改新跟踪会话中使用的默认显示设置。 斐济第 EditOptionsConfigure TrackMate display settings… 有一个额外的插件,显示相同的面板配置。 面板底部有3个按钮:

/media/plugins/trackmate/trackmate-display-settings-5.png

  • Reset将显示选项重置为内置默认值。
  • Revert重新加载之前保存的显示选项。
  • Save to user default 将当前显示配置保存到文件中。从现在开始,这些设置将用于所有新的 TrackMate 会话。

显示设置保存为 JSon 文件,位于主目录的 .trackmate 文件夹中:

➜  ~ ls ~/.trackmate
userdefaultsettings.json
➜  ~ cat ~/.trackmate/userdefaultsettings.json 
{
  "name": "User-default",
  "spotUniformColor": "204, 51, 204, 255",
  "spotColorByType": "DEFAULT",
etc.
➜  ~ 

设置与数据一起保存

将 TrackMate 会话保存为 XML 时,保存文件将包含您配置的显示设置。 当您重新加载数据时,显示设置也将被加载和使用。

显示设置保存在 XML 文件中名为 <DisplaySettings> 的部分中。 但在这个标签中,显示设置被保存为 JSon 字符串😅。 例如,您将能够在 v7 TrackMate XML 文件的找到以下内容:

  <DisplaySettings>{
  "name": "Default",
  "spotUniformColor": "204, 51, 204, 255",
  "spotColorByType": "TRACKS",
  "spotColorByFeature": "TRACK_INDEX",
  "spotDisplayRadius": 1.0,
  "spotDisplayedAsRoi": true,
  "spotMin": 25.702575607472813,
  "spotMax": 108.47393301546651,
  "spotShowName": true,
  "trackMin": 25.702575607472813,
  "trackMax": 108.47393301546651,
  "trackColorByType": "TRACKS",
  "trackColorByFeature": "TRACK_INDEX",
  "trackUniformColor": "204, 204, 51, 255",
  "undefinedValueColor": "0, 0, 0, 255",
  "missingValueColor": "89, 89, 89, 255",
  "highlightColor": "51, 230, 51, 255",
  "trackDisplayMode": "FULL",
  "colormap": "Jet",
  "limitZDrawingDepth": false,
  "drawingZDepth": 10.0,
  "fadeTracks": true,
  "fadeTrackRange": 30,
  "useAntialiasing": true,
  "spotVisible": true,
  "trackVisible": true,
  "font": {
    "name": "Calibri",
    "style": 1,
    "size": 10,
    "pointSize": 10.0,
    "fontSerializedDataVersion": 1
  },
  "lineThickness": 1.0,
  "selectionLineThickness": 4.0,
  "trackschemeBackgroundColor1": "149, 170, 159, 255",
  "trackschemeBackgroundColor2": "192, 192, 192, 255",
  "trackschemeForegroundColor": "255, 255, 255, 255",
  "trackschemeDecorationColor": "4, 79, 79, 255",
  "trackschemeFillBox": false
}</DisplaySettings>