从版本 7 开始,我们重新设计了第 TrackMate 中完全的显示设置。 您现在可以使用更多参数调整轨迹的显示方式。 Jan Eglinger 最初创建了一个配置选项,允许更改 TrackMate 中着色的查找表 (LUT)。我们在此基础上通过调整用于 Mastodon 设置的模式来扩展它
显示设置面板
在 UI 的配置视图面板中,现在有一个按钮可以切换显示设置面板的可见性。

这个新面板允许您配置现在可用的所有显示设置,其中只有部分在配置视图面板上可用。

您在此面板中进行的任何更改都将立即反映在当前打开的视图中。 该参数的意义总结如下:

配置默认显示设置
您可以更改新跟踪会话中使用的默认显示设置。 斐济第 Edit › Options › Configure TrackMate display settings… 有一个额外的插件,显示相同的面板配置。 面板底部有3个按钮:

Reset将显示选项重置为内置默认值。Revert重新加载之前保存的显示选项。Save to user default将当前显示配置保存到文件中。从现在开始,这些设置将用于所有新的 TrackMate 会话。
显示设置保存为 JSon 文件,位于主目录的 .trackmate 文件夹中:
➜ ~ ls ~/.trackmate
userdefaultsettings.json
➜ ~ cat ~/.trackmate/userdefaultsettings.json
{
"name": "User-default",
"spotUniformColor": "204, 51, 204, 255",
"spotColorByType": "DEFAULT",
etc.
➜ ~
设置与数据一起保存
将 TrackMate 会话保存为 XML 时,保存文件将包含您配置的显示设置。 当您重新加载数据时,显示设置也将被加载和使用。
显示设置保存在 XML 文件中名为 <DisplaySettings> 的部分中。
但在这个标签中,显示设置被保存为 JSon 字符串😅。
例如,您将能够在 v7 TrackMate XML 文件的找到以下内容:
<DisplaySettings>{
"name": "Default",
"spotUniformColor": "204, 51, 204, 255",
"spotColorByType": "TRACKS",
"spotColorByFeature": "TRACK_INDEX",
"spotDisplayRadius": 1.0,
"spotDisplayedAsRoi": true,
"spotMin": 25.702575607472813,
"spotMax": 108.47393301546651,
"spotShowName": true,
"trackMin": 25.702575607472813,
"trackMax": 108.47393301546651,
"trackColorByType": "TRACKS",
"trackColorByFeature": "TRACK_INDEX",
"trackUniformColor": "204, 204, 51, 255",
"undefinedValueColor": "0, 0, 0, 255",
"missingValueColor": "89, 89, 89, 255",
"highlightColor": "51, 230, 51, 255",
"trackDisplayMode": "FULL",
"colormap": "Jet",
"limitZDrawingDepth": false,
"drawingZDepth": 10.0,
"fadeTracks": true,
"fadeTrackRange": 30,
"useAntialiasing": true,
"spotVisible": true,
"trackVisible": true,
"font": {
"name": "Calibri",
"style": 1,
"size": 10,
"pointSize": 10.0,
"fontSerializedDataVersion": 1
},
"lineThickness": 1.0,
"selectionLineThickness": 4.0,
"trackschemeBackgroundColor1": "149, 170, 159, 255",
"trackschemeBackgroundColor2": "192, 192, 192, 255",
"trackschemeForegroundColor": "255, 255, 255, 255",
"trackschemeDecorationColor": "4, 79, 79, 255",
"trackschemeFillBox": false
}</DisplaySettings>