此常见问题列表是根据我们在ImageJ forum上多次看到的几个问题整理而成的。当问题出现时，将会被更新。
###加载后仅显示曲目的第一个时间点。
加载 TrackNate 文件后遇到问题。我可以使用我正在处理的报表检索 TrackScheme，但是我的堆栈不会从一个时间帧转到下一个时间帧，并且仅显示报表的第一个点。你知道发生了什么吗？我认为从我保存的文件目前没有任何更新。没有错误消息。我无法向 TrackScheme 添加更多点…
这看起来像一个经典的维度问题。加载后您的图像是 Z 堆栈（1 个时间点的多个 Z 片）吗？检查图像的图像属性。
TrackMate 点检测的局限性
我们正在使用 TrackMate 在活体 Y 中生成 X 细胞谱系，并且对感兴趣信号的强度如何随时间变化以及细胞体积感兴趣。由于我们的大多数细胞都不是模型的，而且有些细胞紧密地聚集在一起，因此 LoG 检测器产生的结果相当不符合。是否可以根据这些细胞的实际形状来检测它们，而不是假设它们都是球体并测量这些分段细胞的体积？
是的！从TrackMate v7（2021年夏季）开始。
您正在寻找“分割”算法，它可以返回物体的形状，并利用复杂的物体形状。TrackMate 现在推出了多种可以实现这一点的算法，并利用 2D 中的物体形状。参见TrackMate v7 detectors
LoG 检测器中质量值的含义
我正在使用LoG检测器，但找不到任何关于如何确定“质量”值的文档，只是它是一个任意测量。是否有一个方程式/描述说明其工作原理，以便我能够根据实验值设置阈值？
TrackMate PDF 手册提供了相关信息（第 51 页）：
高斯拉普拉斯结果是通过对高斯辅助图像的二阶空间导求数并并进行钳归一化而获得的。
图像吸附中的局部峰值产生点检测。通过捕获图像中的局部峰值，为每个检测到的点分配一个质量值。
因此，根据LoG滤波器的属性，此质量值增加：
- 亮点；
- 直径接近指定直径的显示。
将 TrackMate 点导出到 ImageJ 1.x ROI
TrackMate 找到了我的道具，预览功能很有用。但是，我似乎不知道如何将所有 TrackMate 覆盖导出到使用各个 ROI，以便我可以使用其他插件来分析它们。
我们在 v7 中有一个插件可以执行此操作，但尚未移植到新的 v7（2021 年夏季）。
将 TrackMate 跟踪数据复制到另一个图像文件
我们想知道是否有任何工具可以复制在一个堆栈（法语团1，文件1）中创建的点/日记将其粘贴到另一个堆栈（法语团2，文件2）中。我们探索了选项Copy overlay to，但它不稳定用于超过单个帧堆栈。
最简单的解决方案包括编辑 TrackMate XML 文件，并导出指向另一个 tif 文件。
- 复制XML文件，并在良好的文本编辑器中进行编辑；
-
在 XML 文件中找到指向您进行分析的 TIF 文件的行。它看起来像这样：
<Settings> <ImageData filename="DUP_TIM1 GFP clat dsred TIRF-5.tif" folder="/Users/tinevez/Desktop/" width="310" height="362" nslices="1" nframes="113" pixelwidth="0.1" pixelheight="0.1" voxeldepth="1.0" timeinterval="2.463" /> - 更改
filename标签以指向要在其上复制最高层的其他 TIF 文件。 - 接下来您在 TrackMate 中打开已编辑的文件时，它会打开新的 TIF 文件并在其上面添加注释。
将 TrakMate 重新回到电影
在TrackMate中完成轨迹后，有没有办法导出/保存包含所有轨迹和移动点的电影（与使用TrackMate后显示的两个）？
如果继续单击 GUI 上的“下一步”按钮，您将到达 GUI 的最后一个面板，该面板收集各种操作。
其中所谓的Capture TrackMate覆盖，可以满足您的需求。它生成了带有烧录轨道的RGB堆栈。之后，您必须将堆栈导出为AVI，然后就完成了。
小心：捕捉捕捉简单而严厉。如果在捕捉过程中您有一些东西经过 TrackMate 查看器，将会被捕捉到最终的影片中。
在电影中重现场景轨迹的外观
我知道 Capture TrackMate 覆盖 功能，但它仅提供覆盖在移动探针上的表格的最终图片。我感兴趣的是表格表格（或单个表格）是随着探针移动而形成的。
覆盖追踪遵循您在显示设置 GUI面板中设置的显示设置。通过在这里更改图表显示模式，您可以获得您所需要的。例如，选择Show local tracks, backward以使电影中的轨迹生成“龙尾”外观。
###看起来轨道参差不齐
粒子轨迹相当于锯齿线，而不是路径的平滑曲线。我正在测量粒子的平均速度，软件准确计算行进的距离至关重要。
确保 Do sub-pixel localization 已选中。它将缓解这个问题。还要确保您选择的斑点直径与您跟踪的对象实际匹配。
执行时的各种java.lang.NoClassDefFoundError
当您尝试启动 TrackMate 或绘图功能时，可能会弹出这些错误。堆栈跟踪将显示在控制台中，第二行将包含以下内容： Exception in thread “TrackMate plot spot features thread” java.lang.NoClassDefFoundError: com/itextpdf/text/DocumentException at fiji.plugin.trackmate.features.SpotFeatureGrapher.render(SpotFeatureGrapher.java:115) at fiji.plugin.trackmate.gui.GrapherPanel.plotSpotFeatures(GrapherPanel.java:189) at fiji.plugin.trackmate.gui.GrapherPanel.access$100(GrapherPanel.java … 此类错误是由于安装中缺少Java类而导致的。在大多数情况下，发生这种情况是因为您的斐济安装未正确更新。可能的解决方案是
- Update斐济。
- 检查您在斐济是否有Java8更新站点Updater
- 最后，如果没有任何效果，只需安装 Java 8 和 re-download 一个新的 Fiji 应用程序，就是详细研究 Fiji 安装。
