本页记录了TrackMate和MATLAB之间交换数据的各种方式。
简介
TrackMate最初只是作为跟踪工具而设计的。它的目标只是生成轨迹，然后使用另一个工具来分析这些轨迹。尽管如此，我们还是在 TrackMate 中构建了一些粗略的分析工具以进行快速检查。但它们绝对无法与适当的专用定制分析工具竞争。
我赞成MATLAB作为数据分析工具。因此，互操作性首先是处理该软件。
导入函数的位置和安装
这些工具采用多种形式，希望有详细记录的MATLAB功能，这些功能随斐济安装一起提供。所有这些都位于斐济包裹的scripts文件夹中
tinevez@primevere:~/Development/fiji> cd ~/Applications/Fiji/Fiji.app/scripts/
tinevez@primevere:~/Applications/Fiji/Fiji.app/scripts> ls
InstallJava3D.m Matlab3DViewerIntroduction.m
IsJava3DInstalled.m Miji.m
Matlab3DViewerDemo_1.m Miji_Test.m
Matlab3DViewerDemo_2.m bfopen.m
Matlab3DViewerDemo_3.m importTrackMateTracks.m
tinevez@primevere:~/Applications/Fiji/Fiji.app/scripts>
如果您还没有这样做，则需要在MATLAB中执行一个配置步骤，以便让MATLAB了解这些文件。您需要将scripts文件夹添加到MATLAB路径中：
在§§§7§选择§§中，在菜单中File › Set Path…并在其中添加scripts文件夹（在Mac上，文件选择器允许您选择.app包中的目录，因此您必须使用MATLAB命令addpath('/Applications/Fiji.app/scripts')或任何适合您的文件夹）。
导入轨迹文件
TrackMate 具有导出仅包含轨道作为点位置的简化 XML 文件的操作。它仅适用于线性轨道：非分支、非合并的轨道。在这种情况下，有一个 MATLAB 函数使用此 XML 文件可以导入轨迹并检索相关元数据：
>> [tracks, md] = importTrackMateTracks('RealPhotobac20min_Tracks.xml');
>> tracks
tracks =
[125x4 double]
[ 99x4 double]
[125x4 double]
[126x4 double]
...
>> md
md =
spaceUnits: 'pixel'
timeUnits: 's'
frameInterval: 5
date: 'Thu, 8 Aug 2013 13:33:23'
source: 'TrackMate v2.1.0'
查看帮助部分以了解输出格式 (doc importTrackMateTracks)。但基本上，轨道都由元字节阵列中的 double 字节表示（每个粒子一个字节元）。 double阵列本身组织被为T X Y Z，其中T默认为帧整数。
存在一个标志可以在 2D 情况下删除 Z 尺寸。另一个可以缩放时间值，生产采用物理单位而不是帧数。再次，检查函数文档以获取详细信息。
应用示例和链接
MATLAB中有一些专门的工具可以使用TrackMate结果。例如，这里有一个执行mean-square displacement analysis的MATLAB类。希望本MATLAB tutorial中有详细记录。
