CSV 到 TrackMate 导入器
该插件允许将 CSV 文件中包含的检测和轨迹导入 TrackMate，或在无头模式下将它们导出为 TrackMate XML 文件。
安装
该插件位于单独的update site上。如果您想使用它，您首先需要订阅名为TrackMateCSVImporter的更新站点，如here所述。
导入器可以在Plugins › Tracking › TrackMate CSV importer菜单中找到。
使用图形用户界面
下面的示例显示了由 TrackMate 本身创建的 CSV 文件时的 GUI 捕获重新导入（通过 Analysis 按钮）。
在斐济打开目标图像，然后从 GUI 浏览到 CSV 文件。它将被解析，参数列表将被填充为 CSV 文件的标题。有些列是强制性的（X、Y、框架）。如果取消选中 Compute all features? 框，则只会声明和计算最少的功能集。
根据您是否指定导入计数值，TrackMate GUI 将在不同阶段创建。
从命令行运行导出器
安装后，名为 CsvToTrackMate.py 的 Jython 脚本将添加到 Fiji 安装的 scripts 文件夹中。其目的是在headless mode中调用它来直接将 CSV 文件和图像文件转换为 TrackMate 文件。
您可以在无头模式下使用 Fiji，调用 Jython 脚本CsvToTrackMate.py，将该脚本解析参数并正确配置导入器。这是一个例子：
./ImageJ-macosx –headless /path/to/scripts/CsvToTrackMate.py
–csvFilePath=”/path/to/MyCsvFile.csv”
–imageFilePath=”/path/to/MyImage.tif”
–xCol=1
–radius=2
–yCol=2
–zCol=3
–frameCol=0
–targetFilePath=”/path/to/plugins/trackmateFile.xml”
这将是一个新的 TrackMate 文件/path/to/plugins/trackmateFile.xml，其中包含从 CSV 文件/path/to/MyCsvFile.csv创建检测并从创建图像文件/path/to/MyImage.tif中读取图像元数据。
