本页介绍了 TrackMate 的检测器模块，它依赖于 Trainable Weka Segmentation 插件来分割 2D 或 3D 对象。它不包含在 TrackMate 的核心中，必须通过其自己的 update site 安装。
＃＃安装
要使该模块工作，您只需安装 TrackMate 模块。订阅 TrackMate-Weka 更新站点。
Invalid img arguments: {"src"=>"/media/plugins/trackmate/detectorstrackmate-weka-install.png", "align"=>"center"}
教程：追踪粘着斑
可训练的 Weka 分割是一个基于像素的机器学习分割，根据用户注释训练图像中感兴趣对象的分类器，然后使用该分类器进行分割。下图用于演示 TrackMate 中 Weka 分类器的使用，从 Zenodo 下载：
该影片展示了表达静脉血管的人体真皮微血管血液内皮细胞，用转盘共同聚焦解剖学。
Invalid img arguments: {"src"=>"/media/plugins/trackmate/detectorstrackmate-weka-detector-image8.png", "align"=>"center"}
目标是追踪细胞外围的粘着斑。 它们通常比细胞体和图像背景更亮，但强度差异很大。
Weka 分类器
我们在集中数据教程中提供了一个已经很好的训练 Weka 分类器，用于检测粘着斑。 只需提取第一个图像帧来进行注释。选择默认训练特征加上 Gabor 滤波器进行。 下图说明了Weka GUI的两类：一类为红色，表示粘着斑块，一类为绿色，表示其他类（细胞体、图像背景）。 相关训练分类器的更多详细信息，请参阅plugin documentation page。
Invalid img arguments: {"src"=>"/media/plugins/trackmate/detectorstrackmate-weka-detector-image5.png", "align"=>"center", "width"=>"400"}
在 TrackMate 中使用 Weka
现在在斐济打开图像并启动TrackMate，单击下一步并从下拉菜单中选择Weka detector
Invalid img arguments: {"src"=>"/media/plugins/trackmate/detectorstrackmate-weka-detector-image4.png", "align"=>"center", "width"=>"250"}
在下一个面板中，浏览分类器文件，目标类别为FocalAdhesion，将阈值选择值概率设置为0.5。
Invalid img arguments: {"src"=>"/media/plugins/trackmate/detectorstrackmate-weka-detector-image7.png", "align"=>"center", "width"=>"250"}
点击Preview按钮查看积分结果，然后单击下一步对所有时间范围运行积分。在标准 PC 上，此步骤大约需要 8 分钟。
Invalid img arguments: {"src"=>"/media/plugins/trackmate/detectorstrackmate-weka-detector-image2.png", "align"=>"center", "width"=>"400"}
检测过程完成后，点击Next步骤Select a tracker，这里我们选择Simple LAP tracker并设置Linking max distance和Gap-closing max distance都等于2.0微米，直到Gap-closing max frame gap设置为2。
单击Next并等待跟踪过程完成。
Invalid img arguments: {"src"=>"/media/plugins/trackmate/detectorstrackmate-weka-detector-image1.png", "align"=>"center", "width"=>"250"}
跟踪粘着斑的目的之一是研究它们如何随时间收缩或扩展。 TrackMate 提供了按时间进行调色着色的选项。单击“下一步”，底座出现“显示选项”步骤并选择“颜色轨道框架”，然后单击“自动”。
Invalid img arguments: {"src"=>"/media/plugins/trackmate/detectorstrackmate-weka-detector-image3.png", "align"=>"center", "width"=>"250"}
观察下方视频中显示的跟踪结果，位于顶部的粘着斑正在缩小，而右下角的粘着斑正在扩大。
Invalid img arguments: {"src"=>"/media/plugins/trackmate/detectorstrackmate-weka-detector-image6.gif", "align"=>"center"}
潘明山，2021年8月
