本页介绍了 TrackMate 的检测器模块，它依赖于LACSS对 2D 或 3D 细胞进行分割。它不包含在 TrackMate 的基本安装中，必须通过其自己的 update site安装。 Lacss 本身是一个深度学习 (DL) 模型，用于从工作站图像中进行单细胞分割。
TrackMate-Lacss 的设计遵循服务器/客户端架构，使用 GRPC 通信协议。在这种情况下，Lacss 程序作为 GRPC 服务器运行，监听 TCP 端口，瘦客户端 TrackMate-Lacss 使用该端口与服务器通信，发送数据图像并接收分割结果。
默认情况下，Trackmate-Lacss 将联系我们为此目的设置的开放服务器 (lacss.cam.uchc.edu)。这简化了大多数用户的工作流程，因为他们需要安装一个小型 Fiji 插件才能充分利用 DL 模型的功能。服务器客户端设计允许用户在有限的硬件资源上快速执行计算，因为大部分计算只是在服务器端完成的。
用户还可以设置自己的推理服务器。参见下文第section。
限制
3D 分割结果不会完整呈现。相反，每个单元格仅显示一个点。这是 TrackMate 本身的限制，将在 TrackMate 的下一个主要版本中解决。
安装
在斐济，转到Help › Update…，更新，单击§§1§§§（左下角）。将出现一个包含所有已知然后更新站点的新闻。选中TrackMate-Lacss框，执行更新，然后启动重新斐济。
满足
TrackMate UI 中的 Lacss 参数
Server
GRPC服务器的地址，格式为hostname:port。默认为lacss.cam.uchc.edu。
Access token
任选的安全令牌。仅当您运行自己的服务器时才使用。
Minimum Cell Area
以像素为单位的最小单元面积/体积。
Scaling Factor
如果不是 1，输入图像将在发送到模型之前在内部调整大小。如果您的像元大小（以像素为单位）与训练数据的像元大小明显不同，这非常有用。
Score Treshold
最低分数需要被视为有效的预测。
NMS IOU
Lacss 是一种对象检测模型，可以检测重叠的单元格。如果要取消此行为，请设置非零 IOU 阈值以消除重叠单元格。
Multi-Channel
默认情况下，通过考虑所有通道来执行分段。取消选中该选项只能在第一个通道上进行分段。
运行你自己的服务器
TrackMate-Lacss 在客户端-服务器架构上运行。默认情况下，TrackMate-Lacss 将联系位于 lacss.cam.uchc.edu:443 的开放服务器。但有些人可能想运行您自己的服务器（例如，在您自己的内部网上以提高数据传输速度）。
###安装Lacss
版本简介：
pip install lacss[cuda12]
稍长的版本：请参阅Lacss Documentation了解更多详细信息。建议我们在具有专用 GPU 的 Linux 计算机上安装。
Lacss安装独立于斐济。
启动服务器
要在远程服务器上启动Lacss：
python -m lacss.deploy.remote_server --modelpath=<path_to_model_file>
服务器应该打印出一个随机令牌字符串，该字符串作为访问的密钥。您应该将其复制并保存在某个位置。
> COPY THE TOKEN BELOW FOR ACCESS.
> =======================================================================
> adK11qJ7-LcnIsFRbcPKy8x46Pz6bxJpsXodOhd4P_k
> =======================================================================
<path_to_model_file> 是包含模型参数的文件的本地路径。请参阅Lacss页面获取下载链接。
运行 Cellpose 服务器
您还可以由 cellpose 模型支持的“Lacss”服务器作为其运行。为了实现这一点
安装 cellpose
在大多数情况下，这只是
pip install cellpose
但有关更多详细信息，请参阅full documentation。
####安装Lacss
pip install lacss
请注意，在这种情况下，您不需要 cuda12 选项。
启动服务器
python -m lacss.deploy.cellpose_server
- 此插件和页面改编自 Jean-Yves Tinevez 的 Trackmate-Cellpose 插件和 wiki 页面。
- 最后更新时间：2024 年 7 月*
