本页描述了 TrackMate 的检测器，它从标签图像图像创建对象。
＃＃最合适
标签作为分割算法的输出特别方便。事实上，在某些情况下，你可能有不同的对象，它们距离太近以致相互接触。如果分割算法可以检测到它们，但输出黑白蒙版，则如果它们共享边界，它们将在蒙版中显示为一个对象。 在图像标签中，每个对象由不同的整数值表示。例如，标签图像中的对象 #1 将由像素值为 1 的所有像素组成，黑色背景为 0。对象 #2 将像素值为 2，以此类推。即使它们相互联系，也可以解析它们。
您可以使用标签作为图像源图像中的通道，因为 TrackMate 可以利用多通道图像。图像类型不一定是整数类型；但即使在浮点类型上，标签也必须是整数。这使得标签图像与原始图像组合起来更容易。
如果您只有一个通道，预览如下：
分步教程
首先在Zenodo上下载教程数据集：
-打开斐济。
- 打开您在斐济的图片。
- 打开 TrackMate Plugins › Tracking › TrackMate。开始面板将打开并显示相关图像尺寸的信息。单击
Next。 - “选择检测器”选择面板打开。从下拉菜单中标记图像检测器。单击
Next。
-
将打开一个包含遮挡描述的面板。在这里您还可以选择简化以平滑分割物体的边缘。点击
Preview可以查看分割的预览。左侧还会显示该视野中检测到的物体的数量。单击Next。目前正在检测这些物体。 -
当进度条到达时，点击
Next。
-
打开一个面板，用于根据检测到的质量点进行过滤（有关此过滤的更多信息，请参见here）。在我们的测试图像中，这部分可以忽略。单击
Next。 -
将打开一个面板，用于根据点的属性（即大小、形状、位置或信号强度）过滤点。在我们的测试图像中，在第65帧中，您将看到被分割的小浮动单元。要消除这个问题，您可以添加一个点过滤器来删除
Area低于230的所有。点击Next。
- 跟踪面板打开。在此选择面板中，您可以跟踪对象的方法。在本练习中，我们使用
LAP tracker。请从下拉菜单中选择它，然后单击Next。 - 将打开LAP跟踪器设置面板。首先，使用
Frame to Frame linking参数，您可以给出在帧之间链接两个对象的最大距离。在我们的测试图像中，我们使用20微米。然后，您可以选择可以少多少个点，并且它们仍然可以是同一个轨道。勾选Allow gap closing框并添加值：Max distance：20微米和Max frame gap： 5.接下来，您让TrackMate知道是否允许分割轨道。例如，分裂可能由于细胞分裂而引起。勾选第Allow track segment splitting框并插入值最大距离：30微米。表示您在下面看到轨道段控制台的设置。此处此框应保持未选中状态。单击Next。 - 轨道过滤器面板打开。在此面板中，您可以根据轨道的属性（即长度、速度或位置）过滤轨道。对于我们的测试图像，我们不需要过滤任何轨道。单击
Next。
- 出现一个带标记的显示选项的面板。您可以在此处定义如何标记对象和记录。
-首先确保Display spots、as ROIs和Display tracks框已勾选。
- 从下拉菜单中选择
Color spots by Area，然后单击auto。这使您可以通过颜色可视化细胞大小（蓝色较小的细胞，红色最大的）。 - 从下拉菜单中选择
Show tracks forward in time。这将显示被跟踪对象的未来轨迹。 -
从颜色轨道下拉菜单中选择
Track mean speed。然后点击auto。 - 单击
Next。
-
在此面板中，您还可以将结果导出为.csv文件，请单击面板底部的§§1§§§来执行此操作。出现包含大量数据的窗口。确保导出
Spots（有关该地点的信息）和Tracks（有关轨迹的信息）文件。关闭结果窗口并单独§§4§§§。您将看到一个可爱的功能面板 -单击再次Next。您将看到一个绘图面板，如果您愿意，您可以在其中生成某些绘图的绘图 - 再次单击Next。 - 在最后一个面板中，可以执行不同的操作。对于本练习，我们将导出实验的跟踪图像。请从下拉菜单中选择§§0下面§§§。当您点击的
Execute时，会弹出一个窗口。可以在定义此处要保存的时间间隔，然后点击OK。TrackMate生成实验视频。 - 请记住从[文件 - 另存为…]保存图像。
酷不？
乔安娜·W·皮尔文·奈宁 - 2021 年 7 月
