本页介绍了 TrackMate 的检测器模块，它依赖于 Ilastik 来分割 2D 或 3D 对象。它不包含在 TrackMate 的核心中，必须通过其自己的 update site 安装。
＃＃安装
要使该模块正常工作，您需要三件事：
- 在您的计算机上下载并安装 Ilastik。请按照 this page 上的说明进行操作。
2.订阅ilastik update site。
运行_斐济 > 帮助 > 更新_。
从 ImageJ Updater 窗口中，打开 Manage update sites 窗口。
3.最后，订阅TrackMate-Ilastik更新站点。
我们依赖 ilastik 团队构建的ilastik 斐济导入/导出插件的功能。详细记录在 in the ilastik website 中。
问题：
- 如果 ilastik 未安装在默认位置，则必须在斐济的_斐济 > 插件 > ilastik > 配置 ilastik 执行文件位置_中指定执行文件的路径。
偏好设置
ilastik 允许的系统资源可以在 _Fiji > 插件 > ilastik > 配置 ilastik 执行文件位置_中进行调整。默认情况下，它使用所有可用资源。这对于某些计算机来说可能很重，并且可以调整，但代价是速度处理低。
- ilastik 可以使用线程数
- ilastik 可以使用最大的 RAM
＃＃教程
在本教程中，我们将使用脑膜炎奈瑟菌细菌生长数据集，您可以在Zenodo上下载该数据集。
数据集包含 ILP 文件，即 ilastik 项目文件。我们在 Laure 获取之前获取的几张图像上训练了像素分类器，这些图像与我们将跟踪的电影不同。我们将在 TrackMate 中使用相同的 ILP 文件，以便它可以运行 ilastik 来生成对象。
开始统计表格
- 将
NeisseriaMeningitidisGrowth.tif影片加载到斐济，然后启动TrackMate Plugins > Tracking > TrackMate。 -（任选）使用您选择的选择工具指定投资回报率。 - 验证影片安排设置正确后，转到下一步。
###选择场地
- 在 Detector 菜单中，选择 ilastik 检测器并继续下一步。
- 浏览到 NeisseriaMeningitidisGrowth 预训练 ilastik 项目文件的位置（例如
NeisseriaMeningitidisGrowth.ilp文件）。可以定义要检测的类别数和概率阈值。在这种情况下，请使用默认值。 -（任选）可以在当前时间点使用预览按钮测试检测器和所选参数。- 如果您想使用ilastik型号，请遵循ilastikpixel classifier tutorial。
- ilastik 分类器将评估数据。等待该过程完成并进入下一步。
- 问题：除了调试消息之外，控制台窗口中还出现一些警告和错误。对处理无直接影响。 6.您可以选择对计算的特征应用各种过滤，以删除检测的某些点。此步骤直接影响跟踪的质量，值得在花时间之前进行下一步提供干净的点检测。
###跟踪选择器
- 一致在每个时间点都检测到了对象，我们就可以选择一个跟踪器。有多种选择可用，并且要处理的数据。请参阅Tracker tutorial，了解有关每个跟踪器的更多信息，并帮助决定选择哪个。对于此示例，我们将选择LAP Tracker，它允许分割和合并行为。
- 定义跟踪器选项。这些选项取决于所选的跟踪器和您的数据。在此示例中，当使用 LAP 跟踪器时，我们将帧设置为链接到
1.0μm的帧，并在2.0μm处关闭间隙。我们可以实现最大距离为2.0μm的分段分割。 - 运行跟踪器。如果需要，可以返回上一步以改进跟踪器参数。继续下一步。 3.与检测部分类似，可以根据各种特征过滤轨迹。在这里，我们可以过滤“跟踪开始”功能，以仅保留从第一帧开始的跟踪。
探索结果
10.最后的步骤允许您探索地点和轨迹的跟踪和计算特征。还可以导出各种结果（例如曲目、谱系、分段等）以进一步进行分析。
斯特凡·里戈 - 2021 年 9 月
