以单元格跟踪质询格式导出跟踪结果
细胞追踪挑战赛（CTC）旨在调查地比较和评估细胞和细胞核追踪方法。为了执行评估，将跟踪算法预测的分割和趋势与手动注释的地面实况进行比较。CTC的作者开发了几种评估指标来对跟踪质量进行评分，并开发了一种计算工具。有关CTC的更多信息，请参阅其website和文献：
TrackMate 现在允许用户将轨迹会话导出为 CTC 格式以计算评估指标（请参见下面的教程）。TrackMate 帮助程序还使用 CTC 指标来确定要使用的最佳轨迹参数；有关 TrackMate 帮助程序的更多信息，请参见此处。
限制
注意！CTC 和 TrackMate 文件格式之间存在一些不兼容。通常，它们会出现有问题的跟踪结果。因为这是 TrackMate 和 CTC 格式以不同的方式表示跟踪结果：在 TrackMate 中，对象由货运货运表示，而在 CTC 格式中，对象由标签图像逐像素表示存在。导致这两者在某些边缘情况下存在一些不兼容：
-
CTC 文件格式无法处理重叠标签，但 TrackMate 可以表示两个完全重叠的对象。如果一个对象与另一个对象完全重叠，则标签图像中至少有一个像素无法表示该对象，并且 CTC 指标将产生错误。 TrackMate CTC导出器尝试通过删除标签图像中隐藏的点并在删除的点上建立一个带间隙的链接来弥补这些情况。但并不总是成功，例如当隐藏对象是轨道中的最后一个或第一个时候。在这种情况下，您将在帮助程序日志中看到消息：未找到标签。
-
CTC格式允许细胞分裂后出现间隙，这是TrackMate接受的。当出现这种间隙时，CTC指标就无法轻松。
-
在CTC文件格式中，轨迹只能由一个点组成，而TrackMate则无法实现这一点。
-
TrackMate可以有合并事件，这在CTC文件格式中是被禁止的。
这将导致导出的文件被CTC工具标记为不一致，并且不会计算CTC指标。
以 CTC 格式导出曲目
- 成功跟踪会话后（自动跟踪/手动跟踪）
- 在操作面板中，选择导出为CTC格式，然后单击执行。
- 将打开一个新闻，您可以在其中选择文件的保存位置和数据类型。
-
Select Gold truth if your tracking results were generated manually (human-made reference annotations, also called ground truths).
-
Select Silver truth if a computer algorithm generated the tracking results and you manually corrected them.
-
Select Results if a computer algorithm generated your tracking results.
-
- 然后，单击“确定”。
- 真实情况则 CTC 格式保存在您选择的位置。将有两个文件夹 01 和 01GT（如果导出为 Gold Truth）。01 文件夹包含逐帧传输的原始数据。 GT01 文件夹包含两个子文件夹：SEG 和 TRA：
- The SEG folder contains reference segmentation for each corresponding original image. In the case of gold segmentation truth, manual segmentation needs to be is provided from selected frames (segmentation of each time frame is not necessary). In the case of silver segmentation truth, every frame is usually annotated, for example, by the Stardist segmentation integrated into Trackmate.
-
The TRA folder contains:
- A text file representing an acyclic graph for the whole video. Every row corresponds to a single track. Each track (row) is encoded by four numbers: Column 1 (L - label) - a unique label of the track (label of markers, 16-bit positive value). Column 2 (B - begins) - a zero-based temporal index of the frame in which the track starts. Column 3 (E - ends) is a zero-based temporal index of the frame where the track ends. Columns 4 (P - parent) - label of the parent track (0 is used when no parent is defined)
- Reference tracking annotations consist of cell markers interlinked between frames to form cell lineage trees. These are used to evaluate the detection and tracking performance of competing methods.
