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分支层次分析

Branch hierarchy analysis将每个轨道划分为分支并输出分析汇总表。 对于每个分支,它计算统计信息,如分支的持续时间、后继者的数量、前驱者的数量。

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例如,如果轨道由在时间 t 分裂的一个细胞组成,则将创建 3 个分支,其中一个分支在时间 t 之前是母细胞,在时间 t 之后是子细胞的 2 个分支(其后继者)。

满足

跟踪完成后,通过单击Next按钮移至TrackMate主窗口的最后一个面板,称为操作。 可以在列表中找到分支层次结构分析操作。 选择后,单击Execute按钮。 应该会出现一条新闻。

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TrackMate 划分分支中的所有表格,并在新闻中显示的表格中给出结果。 下面的第 Analysis of a branch 节中给出了各列及其暗示的列表。

通过单击相应的列,可以按列值对表的行进行排序。 例如,单击Label可按轨迹对结果进行排序。 您可以直接将结果导出为csv文件。 弹出的 Branch table 与 TrackMate 中的活动选择同步。如果您单击一个分支(表格的一行),将会在打开的其他 TrackMate 窗口中选择目标分支。

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分支的定义

路径是轨道的一部分,其中除了第一个和最后一个点之外的所有点在时间上都只有一个前导点和一个后继点。 总之,它是轨道的分割/分割或融合/合并之间的一部分。 一个分支只能由一个点或多个点组成。

在下面的示例中,轨道0有4个分支,轨道1有6个分支,用虚线圈出。

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前任和后任的定义

分支受其第一个和最后一个位置的限制,但可以链接到其他分支。

分支的前身是最后一个点与分支的第一个点链接的分支,并且在时间上早于该点。

分支的后继是第一个点与分支的最后一个点链接的分支,并且暂时放置在该点之后。

例如,如果我们考虑下红色圈出的树枝,它的第一个点是点ID2007,最后一个点是ID2019。该分支有一个前身:以点ID2003结束的分支和一个后继:以点ID2021开始的分支。对于所有分支,第一个点的颜色较浅,一个点的颜色较深。

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一个分支分析

Branch hierarchy analysis 测量每个分支的多个功能。以下是上一个分支分析输出的示例。

/media/plugins/trackmate/actions/branch_analysis_branchtable.png

奥巴马的措施是:

  • 标签:提取分支的轨道名称,后跟分支的第一个和最后一个点的ID。分支由层次结构中这两个点之间的所有点组成。

  • 轨道ID:在TrackMate中提取分支的轨道标识号。

  • N个前辈:分支的前辈数量。如果分支来自融合/合并事件,则将大于1。

  • N个后继者:分支的后继者数量。如果分支来自分裂/分割事件,则该值将大于1。

  • Delta T:分支的时间持续时间。它对应于分支的第一个点和最后一个点之间的时间。如果电影被安排,计算出的时间也会被安排。这些值在单独的列中给出。

  • Dist:在分支中进行的总距离。它是分支中每个连续点的距离之和。

  • 平均V:分支中心点的平均速度。

  • 第一个ID:分支第一个点的标识号。

  • 最后ID:分支最后一个点的标识号。

  • 成功。延迟:分支的最后一个点与后继分支(后继分支的第一个点)之间的平均时间。可能有多个后继细胞,通常位于相同的时间点(例如子细胞),但在某些情况下,后继细胞可能在不同的时间点开始,因此给出指令。

  • 延迟预测:分支的第一个点与前驱点(前驱分支的最后一个点)之间的平均时间。可以有多个前任,位于不同的时间点。给出了这些前身的平均时间距离。