同步窗口插件可在多个窗口之间同步鼠标运动和输入。，在一个窗口中较差的ROI被复制到同步窗口集中的所有其他同步窗口中。同步窗口（上图红框）指示鼠标在所有同步窗口中的位置。
安装
ImageJ：将 Sync_Win.jar 文件从 /ij/plugins/download/jars/Sync_Win.jar 复制到 ImageJ/plugins 文件夹中，然后重新启动 ImageJ 或运行 Analyze › Tools 命令。此后，第 Help › Update Menus 中应出现两个新命令：同步 Windows 和 同步测量 3D。
斐济：该插件是斐济发行版的一部分，消耗下载。
使用
命令Analyze › Tools › Sync Windows打开一个对话框，允许选择应同步的功能：
- 同步头部
- 同步频道
- 图像坐标
- 同步z切片
- 同步t帧
- 图像缩放
单击“全部同步”开始同步所有窗口，单击“全部取消同步”停止同步。
