ImageJ 中的突触活动 (SynActJ)
SynActJ 是一种图像和数据分析工作流程，可用于分析突触活动。
它基于斐济插件和R Shiny应用程序，可实现延迟电影中活动突触的自动图像分析。
我们使用 pHluorin 或钙传感器的视频测试了工作流程。
文档和源代码
查看 github 页面站点以获取更多信息：
https://schmiedc.github.io/SynActJ/
The code is published free and open source under the MIT license.
Please find the source code of the Fiji plugin here:
https://github.com/schmiedc/SynActJ
The source code of the R analysis can be found here:
https://github.com/schmiedc/SynActJ_Shiny
核心特性
- 基于Java Swing的图形用户界面
- 整个数据集的交互式调整
- 从主界面执行批处理
- 保存和加载处理设置
- 用于数据处理的闪亮应用程序
接受的数据集
预期是包含多个帧的2D单通道.tif文件。在特定的帧中，培养的神经元受到刺激，并且活动按钮显示强度增加。可以在工作流程中更改图像安排。在提供设置文件，但也可以稍后创建。
这里提供了一个小示例文件：Link to example data
默认分段参数应适用示例文件。
安装
图像分析-斐济插件
Shiny应用程序教程：Link to tutorial
对于图像分析，您下载并安装斐济：Link to Fiji.
该插件可通过更新站点获得。添加细胞结论站点：
1.从菜单栏选择帮助 › 更新…。这将安装潜在的更新并打开一个新闻。
- 单击“管理更新站点”。这将打开“管理更新站点”对话框。 3.在列表中搜索细胞成像更新站点。 4.通过设置前台添加更新站点。
- 按 关闭，然后按 应用 更改。
- SynActJ 应显示状态：安装。 7.按应用更改等待下载完成并重新启动济斐。
###数据分析-闪亮的应用程序
Shiny应用程序存储库：Link to Repo§
Shiny应用程序教程：Link to tutorial
对于数据分析，您需要下载 R 和 RStudio：R 版本 4.1.0
Link to R
选择版本4.1.0
RStudio 1.4.1717
Link to RStudio
1.下载存储库的内容：SynActJ Shiny
点击绿色按钮：代码。
点击下载ZIP下载脚本。
- 将脚本解压缩到您选择的位置。 3.在RStudio中打开app.R文件。 4.启动应用程序：按RStudio右上角的运行应用程序。
- RStudio 可能会要求安装或加载额外的费用 - 下载需要一些时间。 6.一旦安装并加载了这些，RShiny GUI就会弹出。
- 可选：按在浏览器中打开以更好地显示 GUI。
