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堆栈装配工

堆栈装载者

此插件沿着 z 轴堆栈的每个 (x,y) 像素的数据(通过图像>堆栈> 不平等的 z 轴获得),并使用结构结果创建一个新堆栈。 -您支持内置的ImageJ函数(可以修改自己的函数的代码)。

  • 输入数据是假定的像素值(如果有布局),还考虑了 z 轴布局。如果 z 轴没有布局,请注意一个的 z 值0 和 NSlices−1 之间,**不是 ** 在 1 和 NSlices 之间(如 ImageJ 中堆栈切片的通常编号那样)。这与 z 轴剖面图不同。
  • 输出是一个输出参数、其函数和/或每个 (x,y) 输出的输出质量。
  • 不支持多维堆栈(超堆栈)。
  • 由于 ImageJ 中的造型是一个迭代过程(手工回归再现过程)因此,导出数据大量需要时间。因此,代码更注重速度,而不是使用不同的原始参数重试造型以确保正确的结果。这意味着在极少数情况下,造型质量比使用 ImageJ Curve Fitter 手动进行相同的造型时更差。

对话框选项

Dialog screen shot

  • z型单独的功能
  • 使用前一个像素作为主要参数 -如果像素像素(或所有像素)通常具有相似的z剖面,则应选择此选项。然后从前一个像素的结果中获取初始“猜测”参数。
    • 未选中时,ImageJ 尝试从每条曲线的数据值中猜测初始参数。
    • 此选项对于仅使用线性回归的回归没有影响(“直线”和名称中标有“线性回归”的所有内容)。
  • 输出通道
    • 您可以在这里使用分隔符的列表指定输出堆栈的切片。
    • 空白时,每个参数都有一个切片。
    • 否则,您可以指定切片对应的参数或数字:
      • Variables ‘‘a, b, c,’’ … are the fit parameters.
      • '’R2’’ is the R squared value, the coefficient of determination.
      • '’D2’’ is the sum of squared residuals.
      • You can also make functions from these; use ‘‘v’’ to specify the function result.
  • 示例:’‘a,-b/(2*c),R2’’’
    • Here, the first output stack slice is the ‘a’ parameter,
    • the second slice is calculated from the ‘b’ and ‘c’ parameters as ‘‘-b/(2*c)’’, and
    • the third slice is R squared.
  • 示例:’‘if (a>0) v=sqrt(a);否则 v=-sqrt(-a);, b’’
    • Here, the first output stack slice is the square root of the ‘a’ parameter, or minus the square root of -a, if a is negative, and
    • the second slice gets the fit parameter ‘b’ as pixel values.

      性能

在核心 i7-6700 上使用“带偏移的指数”随身 512×512×10 堆栈大约需要一分钟(此役实际上只有一个参数,其他两个参数直接通过线性回归计算)。除了 ImageJ Minimizer 的附件之外,没有其他附件,使用它的两个线程来简单搜索。

下载

  • 来源代码Stack_Fitter.java on GitHub(确保下载原始文件,使用右上角附近的按钮)
  • 类文件Stack_Fitter.classon GitHub

安装

  • 将原始Stack_Fitter.java文件复制到ImageJ插件文件夹或其子文件夹中。确保将下载的文件命名为“Stack_Fitter.java”;大写/小写很重要。
  • 使用“编译并运行”进行编译,然后按“确定”。请注意,斐济的“编译并运行”目前已损坏;解决方法是使用“文件”>“新建”>“脚本”,打开Stack_Fitter.java文件并按“运行”。 -或者,直接将 .class 文件Stack_Fitter.class保存到 ImageJ/plugins 目录或直接子目录中。再次强调,请确保文件命名正确,大小写得很重要。
  • 使用“帮助”>“更新菜单”或重新启动ImageJ在“插件”菜单中出现(如果您使用了斐济脚本编辑器,则不需要)。

版本历史

  • 2018-03-23,迈克尔·施密德:第一个版本