当前版本：帅金银花（最后发布时间：7月26日）th, 2024). 插件 RootSystemTracker 是一个基于配准和拓扑跟踪的自动分析管道，能够在实验室条件下以 2D+t 形式准确描述观察到的根系统的拓扑和几何形状。 更新（2025年9月）：感谢Loai（论文PEPR Agroeconum 2025-2028）和我们的合作伙伴的工作，该插件的开发版本正在升级，以处理多个倒生根的植物的时间序列。文献正在准备中，插件的V2也正在准备中。下一步将进行更广泛的后续系统。
插件功能
- 具有根出现时间的时间序列的二维分割
- 根系统架构重构
- 电影生成器（根系统的插值生长，见下文）
- 高货运（自动批量处理）
演示
以下视频显示了 RootSystemTracker 在样本上制作的电影中
安装
要在您的计算机上安装RootSystemTracker，请按照以下简单步骤操作：
1. （如果需要）从https://fiji.sc/下载并安装斐济；启动斐济，并保持自动更新。然后重启斐济。
2.打开Fiji，运行更新管理器 Plugins › Analyze。单击“确定”关闭第一个弹出窗口，然后单击按钮管理更新站点…。
3.在此列表中，通过选中相应的组成部分来激活 ImageJ-ITK 和 IJPB-plugins。
并添加 Fijiyama 存储库（通过单击按钮 添加更新站点，并填写字段：名称 =“/plugins/fijiyama”，站点 = https://sites.imagej.net/Fijiyama），然后选中关联的复选框。
4.重新启动Fiji：菜单Help › Update中应出现新的RootSystemTracker边界。如果没有，请返回到更新管理器，并检查是否正确选择了存储库ImageJ-ITK、IJPB和Fijiyama。
5.如果您是 Windows 用户：外部包 ImageJ-ITK 和 ImageJ 附带的当前 JDK 之间存在特定问题。无论您是否理解这一点，请按照记录的程序来避免这种情况。必须将 ImageJ 与不同的 JAVA 版本一起使用。那里有很好的解释：https://imagej.net/learn/faq#on-windows。例如，您可以在 OpenLogic 上找到 OpenJDK 8，然后安装它，然后在您询问时选中该框以选择必须构建 JAVA_HOME变量（在询问时将红叉看到符号替换为硬盘符号，您就会它）。之后，如上所述，删除 Fiji.app 中的 java 或 jre 目录，就可以了！ 以下视频展示了Fijiyama和RootSystemTracker的安装教程：
准备数据集
输入数据：使用推理自动机采集的2D + t图像序列，显示培养皿中正在生长的根系。数据应组织在一个输入目录中，每盘一个子目录，名称如img_XX.tif，便于ImageJ自主检测图像序列。
输出数据： 2D分割，包括根生成时间、根重构、RSML文件形式的根系统架构以及生长根系统的插值电影（见下文）
运行插件
斐济，然后点击Plugins › Analyze › Root System Tracker打开 出现提示时，确定输入然后输出路径。然后，插件会提示您根据需要编辑参数文件，然后自动运行。
RootSystemTracker 的版本
这是一个活跃的项目，更新墙壁。感谢斐济更新程序，每次斐济更新启动时，您的版本都会更新。
主要更新包括发布的新功能或主要重构，而次要更新（发布时间的更改）不应深度修改插件的行为，以保持结果的可重复性。这些信息可以在启动界面中看到。
引用这篇文章
- Fernandez, R.、Crabos, A.、Maillard, M. 等人。拟南芥幼苗的高通量和自动结构和生长根型表分析。植物方法 18, 127 (2022)。 https://doi.org/10.1186/s13007-022-00960-5
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