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Nscale_分段

斐济软件中的分水岭算法和分割工具通常无法区分非常接近的核簇,从而错误地将它们分组在一起。这导致平均核大小的分析不准确。为了解决这个问题,这个可定制的分割插件使用比例参数来调整图像,以更精确地分离接触的核。

安装

将插件安装到斐济,请首先从更新场景复制脚本(https://sites.imagej.net/Nscale_segmentation/)并将其另存为) 一个txt。(打开笔记本,将脚本粘贴到笔记本上并保存)。要运行它,请转到PluginsMacrosInstall…并单击刚刚保存的Nscale_segmentation脚本。该插件应该显示如下:

nscale-segmentation-1.jpg

开始

安装插件后,打开要分析的图像。右键单击插件图标,会出现一个弹出窗口 要求输入比例因子数字。该数字的范围应为1-10。从较小的比例数字开始,然后单击“确定”。

nscale-segmentation-2.jpg

再次单击该图标以设置所需的高斯模糊半径。

nscale-segmentation-3.jpg

并设置去除异常值的半径和阈值。

nscale-segmentation-4.jpg

设置所有参数并单击“确定”后,这应该会分割图像中的所有细胞核。如果分割对于您的单元格来说非常或太小,请再次右键单击插件图标并调整比例因子(相应地增加/减少),然后再更改离群值半径。

演示

该工具应该从单独的细胞中分割接触或合并细胞核。

nscale-segmentation-5.jpg